| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,318,215 | G→A | L184L (CTG→TTG) | phnK ← | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,318,215 | 0 | G | A | 91.9% | 150.8 / 0.9 | 63 | L184L (CTG→TTG) | phnK | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/1); new base A (37/20); total (42/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
GGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGC‑TTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT > NC_000913/4317973‑4318442 | ggATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGC‑TTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGCGCAAGCGGGCCt > 2:426279/1‑251 (MQ=255) aaGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGC‑TTCATCACCAGCAAACGGGCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCCGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCC‑GCAc > 2:63830/1‑251 (MQ=255) aGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGC‑TTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCT‑GCAcc < 1:206576/251‑1 (MQ=255) ttACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGC‑TTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCCGGTCGAGCAAGCGGGCCT‑GCACCgccccc > 2:283121/1‑246 (MQ=255) 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2:483389/251‑1 (MQ=255) gCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCgg > 1:218500/1‑251 (MQ=255) aTCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTAAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGACGGTCGAGCAAGAGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGCTGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGACGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCGGCGCGGTGGccc > 2:330274/1‑249 (MQ=255) gacgaccaccacCGCGAGGTTCAGCCCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGc < 1:156655/245‑1 (MQ=255) gACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGGTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCCCTTCTGCGCGGGGGCACGCATATCGc > 2:121528/1‑251 (MQ=255) acagtCACCACCGAGAGGTTCAGCTCCACCACCGTGACGCGCAGCAGTTCTAGCAAGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGACACCCGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCGTACCGCCGGAAAAGGCGGTAGGCCGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACCTCTGCGCGGTTGCACGCATATCGcc > 2:174587/5‑251 (MQ=255) aaTCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATACACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCCCGAATATCGCCgg > 1:226327/1‑250 (MQ=255) tCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATAGCCGTa > 1:217573/1‑250 (MQ=255) cgcgAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGGCGGCAGGGCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGGAATGACg > 1:241631/1‑249 (MQ=255) gcgAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGAAGGTCGCGCAAGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCCAACGCTGCTGCATACCGCCGGAACAGGAGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGACTCTCCACCTATTCCAGCCACTTCTTCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTACTGACgagc > 1:313500/1‑248 (MQ=255) gtccAGCTCCCCCACCAGGCCGCGCACCAGTTCAAGCAAGCGGACCT‑GCACCGACCCATCCAGCCCGCCGGTCGGTTTATACATAATCACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGTGAATCTCCACCGCTGCCAGCCACTTCGTCGCGGTGGCACGAAGATCGCCGTAATGACGTGCCCCg < 1:399728/247‑1 (MQ=255) cTCCACCACCAGGCCGCGCGGCAGGGCGAGCAGGCGGGACT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGACGGTTCATCCCTAAACACCAGCATCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATAACGGCGGAAAAGGTGGGCGGCAGGACGGCGGTCCCGTCGGCGGGGATCTCCACCTACTCCAGCCACTTCTGCGCGGGGGCCCGAATTTCACCGTAATGACGTGCCCCGGTccccc > 2:194469/1‑247 (MQ=255) ccccccccgggCCGCGCAGAAGGGCGAGCAAGCGG‑CCTCGCCCCCACACCTCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCAAAAACCCCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGGGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATc < 2:16376/242‑1 (MQ=255) caGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCt > 1:367738/1‑251 (MQ=255) | GGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGC‑TTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACCACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCT‑GCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCT > NC_000913/4317973‑4318442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |