| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,500,129 | G→A | G74S (GGC→AGC) | frlA → | fructoselysine/psicoselysine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,500,129 | 0 | G | A | 91.2% | 82.6 / ‑0.3 | 34 | G74S (GGC→AGC) | frlA | fructoselysine/psicoselysine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (10/21); total (12/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.31e-01 | |||||||||||
CGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGGCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATGGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATT > NC_000913/3499906‑3500377 | cGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGGCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGGTTGTCATTGGCGGGGTAATTTTGATACCGCCAATGTGCGGCTATTCGGGACTATCCCCCCC‑CTTTCC‑GGGAAAAAGAGCAGA‑TTATGTTTAtttttaaaat > 1:456082/1‑241 (MQ=255) ccAGGAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGGCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGGCTATGCGGGACTATACACCGC‑CTTTCC‑GGAAAATATCGCCGA‑TTATTTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGAc > 1:245089/1‑251 (MQ=255) ggAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGGCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTGATTTTGGTCCCCCCAATGTGGGTCTTTGCGGGACTATTCCCCCC‑TTTTCCAGGAAAA‑AGCGGCGA‑TTTTGTTTTTCTGTAAAATGCCGGGAACCGAcccc > 1:123885/1‑249 (MQ=255) agcccGGATTTTGGGCCGGTCTTGCAATCGCCGGCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGGGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTcc < 2:492906/247‑1 (MQ=255) gttttGGTCCTTTCTGGCAATCTCCGCCGGGAAAACCGTCGTATCCGGAATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGGTGCAAAAGCAGCGGGCTCGCCGTGGCTTACGGTGCTCGTGTTTGGCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCTGAACTATCCACCGC‑TTAGCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCTACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTggg < 2:119656/250‑1 (MQ=255) gggCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAg < 1:342761/250‑1 (MQ=255) gTTCTTTCAATCGCCGTCGGGACACCCGTCGGTTCCGGTATTTTTGTATCTGGTGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTg < 1:374876/251‑1 (MQ=255) gTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGGTTATTTTGTTCCCGCCAAAGTGGGGCTATGCGGGTCTCTCCGCCGC‑TTTTCC‑GGAAAATAGCGC‑GAGTTTTGTTTTTCTGTAAAATACCCGGAGCCCGCCCCCCGCTTTTCTCTCCGCCTTGGCCAGCTTccg > 2:135164/1‑249 (MQ=255) gCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATgc < 1:82271/251‑1 (MQ=255) cGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGGTAATTTTGATCCCCCAAATGTGGGTCTATGCGGGAATATTCCCCGC‑TTATTC‑GGCAAATAGCGCCGA‑TTATGTTTATCTTAAAAATGCCGGGAGCCGAACCCCGGCTTTTCTCCCCGGCGGGGCCGGGGTCTGGGCCCACGaaacgc > 1:327185/1‑246 (MQ=255) gCTCCGTTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGCCCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATg < 2:123574/251‑1 (MQ=255) ggTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGGTAAATGTGTGTCCGCAAATGTGCGGCTATGTGGGACTATCCCCCCCCTTTTCG‑GGAAAAAGCGGCGGA‑TTTTTTTTTTTTGAAAA‑TGACGGAAGCCGGACGCTGGCGTTCCTCTCCCGCTGGGCCAGCATCCGGGCCAACGCTGCGCCGTCCTTTTCGGTTTTGgcgcg > 2:217414/1‑250 (MQ=255) ttttGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCg < 1:201595/250‑1 (MQ=255) ttgtGTATCTGTGGGGGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCg < 2:123885/247‑1 (MQ=255) tGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGAtt < 2:327185/250‑1 (MQ=255) gTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGt < 1:217414/251‑1 (MQ=255) gTATCTGGGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGGGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGAGGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGt < 2:212525/251‑1 (MQ=255) gggCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCg < 1:212769/251‑1 (MQ=255) gCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGAt < 1:310454/251‑1 (MQ=255) cGTGGCTTTCGGGGCTCGCGTTTGGCATTGGCGTGGTAAGTTTGAGCCCGCAAATGTGAGTCTAGGCGGAACTACGCACCGC‑TTAGCC‑GGAAAAGAGCGCAGA‑TTATGTTTATATGAAAAATGCCGGAAGCCGCCCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCGGGGCCAGGTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTTATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCTTATCGATCCGTTg < 2:374102/251‑1 (MQ=255) cgcgTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCGCCGC‑TTATCC‑GGAAAATGGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGTCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATcg < 1:135164/251‑1 (MQ=255) cccGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGc > 1:447332/1‑251 (MQ=255) aaaTGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTacac < 1:67077/251‑1 (MQ=255) gtgCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGAGGCGCCGTCCTTGTCGGTTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTACTTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTgc > 2:340926/1‑251 (MQ=255) cgttGCGGAACTATCCCCCCC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTTTGTTTCACTGAAAAATGACGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTTGTCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCAGCGCTCCg < 2:283988/248‑1 (MQ=255) atgcgaagctgtacacagC‑TTATCC‑GGTAAGTAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAACAGTGCCGCAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGCTGCGCCGACATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGGCGACAATCTTGGCTTTTTAATGCCTATCGACCCGTTGGTCGGTAGATTTATCGCCACCGGATTAATTATCGCCTTTTTTTTTCTCCCCCTCCGCTCCGtt > 2:217895/18‑251 (MQ=255) aTGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGtt < 1:246832/251‑1 (MQ=255) gAACTATCCACTGC‑TTATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTTGCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAgg < 1:340056/251‑1 (MQ=255) actgacctccggtgaTCC‑GGAAAAGAGCGCAGT‑TTATGTTTATATGAAAAATGCCGGAAGCCGTCCGCTGGCTTTCACCTCCGGCTGGGCCAGCGTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCTCCGCCGGATTAATTATCGCCTGTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAggcg < 2:197515/237‑1 (MQ=255) ttATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATcgc < 1:92287/186‑1 (MQ=255) ttATCC‑GGAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATcgc > 2:92287/1‑186 (MQ=255) cc‑GGACAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCCACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGAc > 2:331858/1‑251 (MQ=255) gAAAATAGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTAGCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCt < 1:249796/251‑1 (MQ=255) aTGGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAAtt > 1:77725/1‑251 (MQ=255) | CGCTATGGGAAGCCAGGAACTCCAACGCAAGCTCGGATTTTGGGCCGTTCTTGCAATCGCCGTCGGGACAACCGTCGGCTCCGGTATTTTTGTATCTGTGGGTGAAGTGGCAAAAGCAGCGGGCACGCCGTGGCTTACGGTGCTCGCGTTTGTCATTGGCGGGTTAATTGTGATCCCGCAAATGTGCGTCTATGCGGAACTATCCACCGC‑TTATCC‑GGAAAATGGCGCAGA‑TTATGTTTATCTGAAAAATGCCGGAAGCCGACCGCTGGCTTTCCTCTCCGGCTGGGCCAGCTTCTGGGCCAACGATGCGCCGTCATTGTCGATTATGGCGCTGGCGATTGTCAGCAATCTTGGCTTTTTAACGCCTATCGATCCGTTGCTCGGTAAATTTATCGCCGCCGGATTAATTATCGCCTTTATGTTGCTACACCTGCGCTCCGTTGAAGGCGGCGCAGCGTTTCAGACGCTAATT > NC_000913/3499906‑3500377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |