| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,279,276 | C→G | F121L (TTC→TTG) | kbaZ → | putative tagatose‑1,6‑bisphosphate aldolase 1 chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,279,276 | 0 | C | G | 96.2% | 160.3 / ‑5.7 | 53 | F121L (TTC→TTG) | kbaZ | putative tagatose‑1,6‑bisphosphate aldolase 1 chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (19/31); total (21/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTTACTGATTGAAGCAACCTCCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGC‑AGGATTCAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTC‑AGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGTGGCTGAACGCGCCGCCCGTCTGGCGAAAGTGGCGGAA‑GAAACCTGTCTTGAACACTTTGGCGAAGCCGATCTGGAGTATGTCATTGGTACCGAAGTGCCGGTACCTGGCGGCGCGCA‑TG‑AAACCTTAAGCGAGCTGGCGGTCACCACGCCGGATGCCGCCCGCGCCACGCTGGAAGCC > NC_000913/3279042‑3279522 | gTTACTGATTGAAGCACCCTCCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATCCCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGC‑AGGATTGAAAAAAATCCACCTTg < 1:16821/251‑1 (MQ=255) ttACTGATTGAAGCAACCTCCAATCAGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAATGACGCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCACCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCCGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCCATGCCGCTGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGC‑AGGATTCAAAAAAATCCCCCtttt > 1:299983/1‑249 (MQ=255) cacccaccaaaaaggtaaacgcgtgcggctgTTATACCGTAATGCCCCCCGCCGATTTTCGCGGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATGCTGGGTGGGGAACATCTGGGGCCAATCCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGC‑AGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTcc < 2:396038/226‑1 (MQ=255) aGGTAGACCAGTTCGGCGGTTATACCGGAACGCCGCCCGCCGATTTTCGCCGCTTTGTTTGTCAGCTCGCCGACTCGTTGAATTTCCCGCCGGGTGCGGTGATTCTGGGGGGTGACCATCTGGGGCCCAAACGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGGTGATTTGGTTTAAAGCTACGGTGCGGCCAGG‑TTTGAAAAAATCCAACTTTTTTGCAGACTATCCTGTC‑AGGGCGAt > 2:116035/1‑251 (MQ=255) 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gAATTTCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACCATCTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGC‑AGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTC‑AGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGTGGCTGAACGCGCCGCCCGTCTGGCGAAAAGGGCGGGA‑AAAACCTGTCtttgac > 2:239271/1‑247 (MQ=255) tttCCCGCAGGATGCGTTGATTCTGGGTGGTGACGATCAGGGGCCAAACCGTTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGTCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGC‑AGGATTGAAAAAAATCCACCGTGATTGCAGCATGTCCTGTC‑AGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACAACGTGGCTGAACGCGCCGCCCGTCTGGCGAAAGTGGCGGAA‑GAAAACTGTCTTGAacac < 2:54563/250‑1 (MQ=255) tccccGCAGGATGCGGTGATTCGTGGTGGTGACCAACTGGGGCCAAACCGCTGGCAAAACCTGCCGGCCGCTCAGGCAATGGCCAATGCCGATGATTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGC‑AGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTC‑AGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGTGGCTGAACGCGCCGCCCGTCTGGCGAAAGTGGCGGAA‑GAAACCTGTCTTGAACACt < 2:196738/248‑1 (MQ=255) 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atgatTTGATTAGAAGCTACGTTGCGGC‑AGGATTGCAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTC‑AGGACGGTCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGTGGCTGAACGCGCCGCCCGTCTGGCGAAAGTGGCGGAA‑GAAACCTGTCTTGAACACATTTGCGCAACCGAGCTGGAGTATGTCATTGGTACCGACGTGCCTGGACCCGGCGGGGCGCC‑TG‑AAACCCTAAACGAGCTGGCgggcaacccc > 2:418700/1‑243 (MQ=255) atgatTTGATTAAAAGCTACGTTGCGGC‑AGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTC‑AGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGTGGCTGAACGCGCCGCCCGTCTGGCGAAAGTGGCGGAA‑GAAACCTGTCTTGAACACTTTGGCGAAGCCGATCTGGAGTATGTCCTTGGTACCGGAGTGCCGGTGCCTTGGGGCGCGCC‑TGGAAACCTTA‑GCGAGCTGGCGGTccccacc > 2:157430/1‑250 (MQ=255) gattAAAAGCTACGTTGTGGC‑AGGATTGAAAAAAATCCCCCTTGATTGCAGCATGTCCTGTC‑AGGACGAGCCGATTCCCTTAACTGAGGACATCGTGGCTGAACGCGCCGCCCGTCTGGCGAAAGTGGCGGAA‑GAAACCTGTCTTGAACACTTTGGCGAAGCCGATCTGGAGt < 2:244283/173‑1 (MQ=255) gattAAAAGCTACGTTGTGGC‑AGGATTGAAAAAAATCCACCTTGATTGCAGCATGTCCTGTC‑AGGACGATCCGATTCCCTTAACTGATGACATCGTGGCTGAACGCGCCGCCCGTCTGGCGAAAGGGGCGGAA‑GAAACCTGTCTTGAACACTTTGGCGAAGCCGATCTGGAGt > 1:244283/1‑173 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |