| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,176,602 | C→T | P392P (CCC→CCT) | lolC → | lipoprotein release complex ‑ inner membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,176,602 | 0 | C | T | 97.5% | 120.5 / NA | 40 | P392P (CCC→CCT) | lolC | lipoprotein release complex ‑ inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (17/22); minor base G (0/1); total (17/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATG > NC_000913/1176373‑1176837 | tGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGa > 1:363796/1‑250 (MQ=255)tGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGa > 1:314114/1‑250 (MQ=255) ggggCAAGCGCCGGGATTATCGGTGCGTTCCTCGGAGCGGCGCTTGGTGCCCTGTTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGTTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGa < 1:347349/251‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATTGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTCCGTTTTGAATAAAATcc > 2:99639/1‑251 (MQ=255) aTCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAACCAGTTACATAATCTGATGCCGATCATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACCGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGCTGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGAc > 2:259587/1‑250 (MQ=255) cGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCtgtg < 1:379251/251‑1 (MQ=255) cGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCATCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTATACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGACGCCCCTCCACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATACTGTTTCAATGCGACAAccgggg > 2:388301/1‑247 (MQ=255) gATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGc > 2:309021/1‑251 (MQ=255) cTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAAc > 1:282478/1‑251 (MQ=255) cGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAAc < 1:309021/249‑1 (MQ=255) ccggCTTGACATCCAGTTAACTAAGTTGATGCCGATATTCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGTTATCGAACTTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGGGGCGATGGCTATCGCGCTTCTGTTTACGCTTTACCCTTCAGGGCGCGATGCTGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGtgtg < 2:367707/248‑1 (MQ=255) cTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCACCCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATACGGAAGGCAGTGGGCaa > 2:287719/1‑250 (MQ=255) ccagccagTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCg > 1:453805/1‑250 (MQ=255) 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aaTCGGGGTCCTGCTTGATGGCGGGGTGGTTCCGGTGGGTATCGAACTTTTACAGGTCAATGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGGTGCTGTCTACGTTTTACCCTTCATGGCGCGCGGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCGATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGGCAGTTTCAGCGTc < 1:246194/251‑1 (MQ=255) cGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCgg < 1:363892/250‑1 (MQ=255) gCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTAGCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGaa < 2:453805/251‑1 (MQ=255) ggATGGCGCGGCGCGTCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCTTTGTTAGGGCCCTGGTGGCGATGTCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCTCTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGAGCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGGAAACGCTATCAGGAAGGCATTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGTCGAAGGTGAAatg < 2:255865/250‑1 (MQ=255) gtgtggatctggcgttggttATCGAACTGTTACAGGTCATTGTTATTGGGCTGGTGGCGATGGCTATCGCTCTGCTGTCTACTCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGAGCGAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGc < 2:369661/232‑1 (MQ=255) cgcggcgcTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTTTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCg < 1:194913/251‑1 (MQ=255) 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aTCGAACCTTTACAGGTCATGTTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGTTGCTGTCTACGCTTTCCCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGtt < 2:148564/251‑1 (MQ=255) cGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGAACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGGTCGTCGGTAGCTCTGGTTcc > 2:372237/1‑251 (MQ=255) cctgtaaaGGTAATTGTTATTGGGCGGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTGACCCGCAATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTAGCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTa < 2:282478/244‑1 (MQ=255) tATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGGGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGACGAAGGAGAACTAATGGAGATCGTAGGTCGCTCTGGTTCCGGTAAAAGAACATTGATGCAc > 1:484314/1‑251 (MQ=255) gCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGAt > 2:449873/1‑250 (MQ=255) tgctgttttcgttttccctctcagtgcgcgcTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGGGTGCAAACCGATGTGCTGCCCAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCTCCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCACCCt < 2:264583/225‑1 (MQ=255) ggctgTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTc < 2:478723/250‑1 (MQ=255) gctgtctcctttttACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATTAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCATTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAATTACCTTGCTGCACCTGCTGGTCGGGCTGGATACGCCAACCTcc < 1:168200/240‑1 (MQ=255) tCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCg > 1:66087/1‑251 (MQ=255) aTGGCGCGCTGCCGGCACTCAACCTGCTGAGGCTTGACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAAGGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTTAGTTTGAGCGGCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGGAAAAGTACCTTGCTGCTCCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGTCGAGGTGATTGTTAATGGt < 2:490327/251‑1 (MQ=255) gcgcgcTGCCGCCACCCAACCTTCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAg < 2:275825/251‑1 (MQ=255) gcTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTTTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTCCCTTGCTGCACCTGCTGTGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCaa < 1:321982/251‑1 (MQ=255) gcTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTc > 2:144552/1‑118 (MQ=255) gcTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCGATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTc < 1:144552/118‑1 (MQ=255) gccgccACTCAACCGGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTTTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCTCCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATg < 2:373841/250‑1 (MQ=255) | TGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATG > NC_000913/1176373‑1176837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |