| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,133,273 | G→A | G234S (GGC→AGC) | flgE → | flagellar hook protein FlgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,133,273 | 0 | G | A | 92.5% | 100.6 / 1.1 | 40 | G234S (GGC→AGC) | flgE | flagellar hook protein FlgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (20/17); total (22/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
AGATCAACCTGAATTCCAGTGATCCGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATGGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAACT > NC_000913/1133037‑1133502 | aGATCAACCTGAATTCCAGTGATCCGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGAt < 1:152414/251‑1 (MQ=255) cAGTGATCCGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGaat > 1:8414/1‑250 (MQ=255) ccGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGc > 1:251882/1‑251 (MQ=255) tCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAAcc < 2:291431/250‑1 (MQ=255) tGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCa > 1:364354/1‑250 (MQ=255) cAGCGCCAGCCATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGAAAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATAGCAACCGGCGCAATTAACGGTga > 2:325073/1‑248 (MQ=255) cgcCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATggggc > 2:392522/1‑204 (MQ=255) 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gCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATtgt > 1:199004/1‑251 (MQ=255) cTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAAACCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATtgtg > 2:464874/1‑251 (MQ=255) catgaGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGACCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAAAATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAacca < 1:97378/251‑1 (MQ=255) 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1:77446/1‑251 (MQ=255) gtgggAAGACCGGGGAAAAAAACGGGCAGTTCTACCCCCGGGATAGTAGTTATCCAAACAGCATTG‑GAAGGACAGGGAAAACACTGGAATTAAATGCAAAAAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCACCCGGCGCAATTAACGGTGCATACCCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTa < 2:18388/246‑1 (MQ=255) aGACCGGGGATAAAAACGGGCAGTTCTCCACCCAGGATAGAAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCACCCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCg < 1:343590/251‑1 (MQ=255) ccGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCgggg > 2:327564/1‑250 (MQ=255) 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acacTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAACCCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGACGGCAACTATTACAACGAACAAACCCAAct > 1:80759/1‑251 (MQ=255) | AGATCAACCTGAATTCCAGTGATCCGCTTCCTACTGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTG‑TGAAGACCGGGGATAATAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAG‑ACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATGGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAACGGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAACT > NC_000913/1133037‑1133502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |