| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 18,253 | G→A | L255L (TTG→TTA) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 18,253 | 0 | G | A | 94.1% | 140.0 / ‑3.9 | 52 | L255L (TTG→TTA) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base A (19/29); total (22/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
CTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGCACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTTGTTGGCGTGGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCGGGGGTTCACGCAACTCTGGCGGGGGTAATTGTCGGCTTCTTTATTCCTTTGAAAGAGAAGCATGGGCGTTCTCCAGCGAAGCGACTGGAGCATGTGTTGCACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCT‑GTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGCGTCACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGTGGTGGGGATCCTGT > NC_000913/18010‑18491 | cTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCGGGGGTTCACGCAACCCTGGCGGGGGTAATTGTCGGCTTCTTTATTCCTTTGAAAGAGAAGCATGGGCGTTCGCCAGCGAAGCGACTGGGGCATGGGTTACACCCgg > 1:104020/1‑250 (MQ=255) cacTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCGGGGGTTCACGCAACCCTGGCGGGGGTAATTGTCGGCTTCTTTATTCCTTTGAAAGAGAAGCATGGGCGTTCTCCAGCGAAGCGACTGGAGCATGTGTTACACCCggggg > 1:77920/1‑251 (MQ=255) aTGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCGGGGGTTCACGCCACCCTGGCGGGGGTAATTGTCGGCTTCTTTATTCCTTTGAAAGAGAAGCATGGGCGTTCTCCAGCGAAGCGACTGGAGCATGTGTTACACCCGTGGGTGGCg > 1:282436/1‑251 (MQ=255) gattttgcGATTGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTGCTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCGGGGGTTCACGCAACCCTGGCGGGGGTAATTGTCGGCTTCTTTATTCCTTTGAAAGAGAAGCATGGGCGTTCTCCAGCGAAGCGACTGGAGCATGTGTTACACACGTGGGTGGCGTa < 2:282183/244‑1 (MQ=255) 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CTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGCACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTTGTTGGCGTGGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCGGGGGTTCACGCAACTCTGGCGGGGGTAATTGTCGGCTTCTTTATTCCTTTGAAAGAGAAGCATGGGCGTTCTCCAGCGAAGCGACTGGAGCATGTGTTGCACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCT‑GTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCACTGCAAGGCGTCACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTGGCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGTGGTGGGGATCCTGT > NC_000913/18010‑18491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |