| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,908 | A→G | V140V (GTA→GTG) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,908 | 0 | A | G | 94.8% | 170.5 / ‑6.0 | 60 | V140V (GTA→GTG) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); major base G (27/28); minor base T (2/1); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGCACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTTGTTGGCGTGGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCG > NC_000913/17665‑18154 | gCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTAGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCCGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTTTCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTTCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAAATATGCCGATCCGATTCACCGCGCAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTTCTGACCTTGCCGTTGCACTTGGTGGTCTGgcgc > 2:356597/1‑251 (MQ=255) gtatacatgacttgcgtaTGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCGGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGTCGCATTTCCATTGCTCGCCGCTATTTGTGGTATGATTGTTCCGGCATTACTCGATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGATGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTGTGCACTTGGTGTTCTGGCGCTGTTggg < 2:217932/233‑1 (MQ=255) aaaTGACGCGCTGATGGCGGGATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGCTGCAAGGATCGCTAGGCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCAATACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGGCCTTGCCTTTGCCCTTGGTGGTGTGGCGCTGTTGGGAAGtg > 2:401710/1‑250 (MQ=255) ggCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAgcg < 2:103665/250‑1 (MQ=255) ggTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACCTTGCCTTTGCACTTGGTGGGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTg > 2:238529/1‑250 (MQ=255) tttCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATc < 1:397388/250‑1 (MQ=255) ccTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCtttt > 1:26166/1‑251 (MQ=255) 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aTCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTGCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTTGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTa < 1:91218/251‑1 (MQ=255) aGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCg > 1:151093/1‑251 (MQ=255) gccagttttagcccggCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATGGGTGGGAGGATGTTGCCGGCATTCCTTTATCCGGTCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTTCTTGCATTGCCTTTGCTCTTGGTGTGCTGGCGCTTTTGGGTAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATTGCTCTGGCTATTACCGACGATCTTGGGGCCATCATTatcaccg < 2:505923/236‑4 (MQ=255) 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cATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTcg > 1:34798/1‑185 (MQ=255) cATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTcg < 2:34798/185‑1 (MQ=255) tgcctttGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGCAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGCCTg > 1:310817/5‑251 (MQ=255) cACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGACTGCGGTGTTg < 1:406467/251‑1 (MQ=255) tGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGaaa < 2:167830/250‑1 (MQ=255) gtgtGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCGTTTTGATGGCGCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTGATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCg < 2:469814/251‑1 (MQ=255) gtACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAAATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCTCGGTATTGAATCTGTGTGGTGCACGCCGCACGGGCGTCTATATTCttgt < 2:45379/215‑1 (MQ=255) gtACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAAATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCTCGGTATTGAATCTGTGTGGTGCACGCCGCACGGGCGTCTATATTCttgt > 1:45379/1‑215 (MQ=255) | GCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGCACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTTGTTGGCGTGGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATCG > NC_000913/17665‑18154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |