| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,830 | T→C | A114A (GCT→GCC) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,830 | 0 | T | C | 95.5% | 134.5 / ‑2.0 | 44 | A114A (GCT→GCC) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (23/19); total (24/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.59e-01 | |||||||||||
GATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTG‑CCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGT > NC_000913/17595‑18075 | gATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGGTGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAAATATGc > 2:445589/1‑247 (MQ=255)gATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGc < 1:445589/247‑1 (MQ=255) cGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTAccc > 1:284707/1‑251 (MQ=255) aaCATGCTGTTATGGATAAAGTACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGgtgtgct < 2:217999/251‑4 (MQ=255) ggCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGGATTTTTCCTGTTTGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAGCTGATGCCAGGATCGCTAGCCAGCTTAAGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGATATTTGTGGGGTGATT‑TGTCCGGCCTTACTCTATATGGCCTTTAACTATGCCGAACCGCTTACCCGCGACGGGGGGGCGGTCCCTGCGGCTACTTACATTGCCTTTGCACtcgggtggctggcg > 2:241389/2‑238 (MQ=255) gCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTAGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCCGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTTTCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑TCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAAATATGCCGATCCGATTCACCGCGCAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTTCTGACCTTGCCGTTGCACTTGGTGGTCTGgcgc > 2:356597/1‑251 (MQ=255) gtatacatgacttgcgtaTGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCGGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGTCGCATTTCCATTGCTCGCCGCTATTTGTGGTATGATTGTT‑CCGGCATTACTCGATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGATGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTGTGCACTTGGTGTTCTGGCGCTGTTggg < 2:217932/233‑1 (MQ=255) 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aTCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTGCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTTGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTa < 1:91218/251‑1 (MQ=255) aGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCg > 1:151093/1‑251 (MQ=255) gccagttttagcccggCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATGGGTGGGAGGATGTTG‑CCGGCATTCCTTTATCCGGTCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTTCTTGCATTGCCTTTGCTCTTGGTGTGCTGGCGCTTTTGGGTAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATTGCTCTGGCTATTACCGACGATCTTGGGGCCATCATTatcaccg < 2:505923/236‑4 (MQ=255) 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cAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTacac < 1:393604/251‑1 (MQ=255) tttCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGTTCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATAACtt > 2:85715/1‑251 (MQ=255) gtgaTCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGCAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGTTGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGACATCATTATCATCGCATTGTTCTTCACTAATGCCTTATCggt > 2:92327/4‑249 (MQ=255) ttATCGCCGCTATTGGTGGGCTGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATg > 2:185467/1‑251 (MQ=255) cgccgcTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGCTCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTCTACTAATGACTTATCGATGGCct > 2:268226/1‑251 (MQ=255) gcagcTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGGTTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGGTGGCTCTGGCTATTATCGACGTTCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACCTATCGATGGCctc > 2:812/4‑251 (MQ=255) aTTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCtt < 1:256397/249‑1 (MQ=255) gttccGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAg < 1:238529/247‑1 (MQ=255) tccGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGCTTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGAAGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCa > 2:406467/2‑250 (MQ=255) aCTCTATTCGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTa < 2:293822/250‑1 (MQ=255) aCTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTAGCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTAc < 1:444916/251‑1 (MQ=255) tGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTCCTCGCGGt > 2:414017/1‑250 (MQ=255) | GATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTG‑CCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGT > NC_000913/17595‑18075 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |