| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,809 | G→T | V107V (GTG→GTT) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,809 | 0 | G | T | 90.7% | 101.2 / 0.1 | 43 | V107V (GTG→GTT) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base T (21/18); total (23/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.08e-01 | |||||||||||
TGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTG‑CCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTT > NC_000913/17565‑18040 | ggatTATGGCCTAGAGCGGCGCAACCAGTGGGTGGTATCACGACGTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCATTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTTATGGCGGTATTTTTCCTGCTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCa < 2:427373/250‑1 (MQ=255) ccaCCAGTGTATGGTATCACTCCTTTCTGGAAATGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAATACATGCTTTTAGTGATAAATGGCGCGCTGATGGCGGTAGTGTTCCTGTTAGTCGTTCGGGAAGTGAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATGTCCAGTTACCGCCGCTATTGGTTGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTgtacttta < 2:270606/247‑8 (MQ=255) gATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGGTGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAAATATGc > 2:445589/1‑247 (MQ=255) gATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGc < 1:445589/247‑1 (MQ=255) cGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTAccc > 1:284707/1‑251 (MQ=255) aaCATGCTGTTATGGATAAAGTACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGgtgtgct < 2:217999/251‑4 (MQ=255) aTGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCg < 2:473732/150‑1 (MQ=255) aTGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCg > 1:473732/1‑150 (MQ=255) ggCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGGATTTTTCCTGTTTGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAGCTGATGCCAGGATCGCTAGCCAGCTTAAGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGATATTTGTGGGGTGATT‑TGTCCGGCCTTACTCTATATGGCCTTTAACTATGCCGAACCGCTTACCCGCGACGGGGGGGCGGTCCCTGCGGCTACTTACATTGCCTTTGCACtcgggtggctggcg > 2:241389/2‑238 (MQ=255) gCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTAGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCCGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTTTCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑TCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAAATATGCCGATCCGATTCACCGCGCAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTTCTGACCTTGCCGTTGCACTTGGTGGTCTGgcgc > 2:356597/1‑251 (MQ=255) gtatacatgacttgcgtaTGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCGGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGTCGCATTTCCATTGCTCGCCGCTATTTGTGGTATGATTGTT‑CCGGCATTACTCGATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGATGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTGTGCACTTGGTGTTCTGGCGCTGTTggg < 2:217932/233‑1 (MQ=255) 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aGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCtat < 1:236631/249‑1 (MQ=255) aGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCtat > 2:236631/1‑249 (MQ=255) aGTTAAAAGTGAACTGAGGTAAGGATCGCTAGGAAGCATACGACAGGCCGCATTCACAGTTATCGCCGCTATGGGTGGGATGATTGTT‑CCGCCATTACTCTATCTGTCCTTTAACTAAGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGAGCCCGGCGGATACGGACATTGTCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGGTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCtatga < 2:497/251‑3 (MQ=255) 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cTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTgg > 2:287907/1‑251 (MQ=255) aaGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCcatc < 1:124689/251‑1 (MQ=255) ggATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGCTGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGCTCTTGGGGCcatcat > 2:207181/1‑251 (MQ=255) aTCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTGCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTTGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTa < 1:91218/251‑1 (MQ=255) aGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCg > 1:151093/1‑251 (MQ=255) gccagttttagcccggCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATGGGTGGGAGGATGTTG‑CCGGCATTCCTTTATCCGGTCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTTCTTGCATTGCCTTTGCTCTTGGTGTGCTGGCGCTTTTGGGTAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATTGCTCTGGCTATTACCGACGATCTTGGGGCCATCATTatcaccg < 2:505923/236‑4 (MQ=255) 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cAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTacac < 1:393604/251‑1 (MQ=255) tttCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGTTCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATAACtt > 2:85715/1‑251 (MQ=255) gtgaTCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGCAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGTTGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGACATCATTATCATCGCATTGTTCTTCACTAATGCCTTATCggt > 2:92327/4‑249 (MQ=255) ttATCGCCGCTATTGGTGGGCTGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATg > 2:185467/1‑251 (MQ=255) cgccgcTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGCTCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTCTACTAATGACTTATCGATGGCct > 2:268226/1‑251 (MQ=255) gcagcTATTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGGTTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGGTGGCTCTGGCTATTATCGACGTTCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACCTATCGATGGCctc > 2:812/4‑251 (MQ=255) aTTGGTGGGATGATTGTT‑CCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCtt < 1:256397/249‑1 (MQ=255) | TGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTG‑CCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTT > NC_000913/17565‑18040 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |