| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,436 | C→T | intergenic (+426/‑53) | sokC → / → nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,436 | 0 | C | T | 90.0% | 100.2 / 2.3 | 40 | intergenic (+426/‑53) | sokC/nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base T (19/17); total (20/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
CAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AAAA‑A‑C‑GCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAA > NC_000913/17193‑17678 | cAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGCCCTACCAATTACCGCCGCCTGCCAAGAAATTAAT‑ATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AAAA‑AAC‑TCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCggg < 1:223063/251‑1 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CAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AAAA‑A‑C‑GCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAA > NC_000913/17193‑17678 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |