| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,399 | A→G | intergenic (+389/‑90) | sokC → / → nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,399 | 0 | A | G | 88.1% | 100.8 / 3.9 | 42 | intergenic (+389/‑90) | sokC/nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/3); new base G (19/18); total (21/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AA‑AA‑A‑C‑GCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTG > NC_000913/17166‑17639 | ttATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGTAATCTTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AA‑AA‑AAC‑TCATCTCACCGCTGATGACGCAAATTCTTCAATGGCTCGTAAAAAACGAGTTATTCATACACtat > 2:426814/1‑250 (MQ=255) 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attattTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AA‑AA‑AAC‑TCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAAt < 1:341175/251‑1 (MQ=255) ttattTTTGAAATCTTGTCCTAACAAATAACGCCGAATGAAAAGAACTTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATA‑ATTATCTGGGATTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AACAA‑A‑C‑TCATCTCACCGCTGATGGCGCAACTTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGTGTTATTCCTACACTATAACATGATTTTAACgatgctttattcggggaacaat > 1:365850/1‑232 (MQ=255) tttGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTGGGCTTAGGTTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AA‑AA‑AAC‑TCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGAAAAATAGTaa > 1:293822/1‑250 (MQ=255) 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gAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCt < 1:90029/235‑1 (MQ=255) gAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAAAAGCCGGTTCAGCt > 2:90029/1‑235 (MQ=255) | TTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTC‑AA‑AA‑A‑C‑GCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTG > NC_000913/17166‑17639 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |