| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,309 | A→G | intergenic (+299/‑180) | sokC → / → nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,309 | 0 | A | G | 93.3% | 114.6 / 0.4 | 46 | intergenic (+299/‑180) | sokC/nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (23/19); total (25/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
GCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AA‑A‑C‑GCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATC > NC_000913/17068‑17545 | gCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTGGGCTTAggg > 1:60793/1‑251 (MQ=255) 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cTATG‑ATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AA‑AAC‑TCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATc > 2:367861/1‑250 (MQ=255) | GCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATG‑ATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AA‑A‑C‑GCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATC > NC_000913/17068‑17545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |