| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,636,180 | G→T | P58P (CCG→CCT) | creB → | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,636,180 | 0 | G | T | 92.3% | 96.0 / 0.5 | 40 | P58P (CCG→CCT) | creB | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (14/22); total (16/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.96e-01 | |||||||||||
TGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCG‑AGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCAAGCAGG‑TACCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATT > NC_000913/4635934‑4636408 | tGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCG‑AGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTTTGCCTGat < 1:62396/250‑1 (MQ=255) 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gTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCG‑AGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGcc > 1:127271/1‑251 (MQ=255) aGATGAGCTAGGAATAGGGGACACGCTAGGATACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGACGTCG‑AGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGGATACA‑GACGTCATGAATCGCGATGTTGGTTTGCTAGATATCAGCGGCTTTACATTATGCAGCCAGTTACTGGAGATCCATACGGCGTTACCTGAACTGATCCTGACGGCCCGAAGGGGAGAGGTCGATCGCCTGCCTGGGc > 2:58798/1‑251 (MQ=255) agtaGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTGGGTGTAGGAAGGTTTTGCCGTCG‑AGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCGTGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGGCGTCATGATTCTCGATGATGGTTTGCCTGATACCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCTAGTTGCTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGTCTCGAAGTGAAGAGGTCCATCGCCTGCTTGGGcgg < 2:33071/248‑3 (MQ=255) ggCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCG‑AGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTTCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGaa < 1:279421/250‑1 (MQ=255) aaGGGATAGCCGCCACGATGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGATTTGCCGTCG‑AGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTTTGTCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGAAGGCCCGAAGTGAAGAGGTAGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAAtt > 2:289076/1‑251 (MQ=255) gATAGCCGACACGCTGGGCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCG‑AGGTCTTTGAGCGAGGATTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCCAGCAGG‑CTCCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTTTGCCTGATATCAGCGGCTTTGAATTATGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTg < 1:240390/251‑1 (MQ=255) 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TGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGTGGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCG‑AGGTCTTTGAGCGAGGCTTGCCGGTGCTGGATAAAGCTCGCAAGCAGG‑TACCCGACGTCATGATTCTCGATGTTGGTCTGCCGGATATTAGCGGCTTTGAATTGTGCCGCCAGTTACTGGCGCTCCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATT > NC_000913/4635934‑4636408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |