| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,626,042 | T→C | M44T (ATG→ACG) | radA → | DNA recombination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,626,042 | 0 | T | C | 90.0% | 92.8 / 2.4 | 40 | M44T (ATG→ACG) | radA | DNA recombination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base C (19/17); total (21/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
CACCATCCGTCACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAATGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGCTACTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCCAGC > NC_000913/4625797‑4626275 | cACCATCCGTCACGCGTACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGGAGCCTGAATCAGAAGTAAGTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAAcggtgg < 2:61037/251‑1 (MQ=255) tCCGTCACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGt > 1:370163/1‑251 (MQ=255) gTCACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAAc > 1:101988/1‑251 (MQ=255) caccGCTGACCGAATGGGGGTATTCTACATCCTCTCAGGCAGCCTAAATCATAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGGTTGTAATGAATGCGGTGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAAc < 2:257600/247‑1 (MQ=255) cACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACg < 1:188084/250‑1 (MQ=255) cAGGCAGCCTGAACCAGAAGTGATGTCTCGCCCGTAAGCCTGCCGGCGGCACAGTATGAACGAGGTACACC‑GTGGAAAAAGCTCCCAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTTTCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCGTGCTGCGGCGCCAATGGTGGTGCGTAACGAGCGTCGCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTg < 2:374119/251‑1 (MQ=255) gCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCaaaa < 1:292565/251‑1 (MQ=255) 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ggTACACC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTATCGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGAttt > 1:171989/1‑251 (MQ=255) acC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTaa > 1:228873/1‑248 (MQ=255) aaGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACcgc > 1:103998/1‑251 (MQ=255) aGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACcgcg > 1:3352/1‑251 (MQ=255) cgcCTTTGTTTGTAATGAATGTGGGGCCGATTACCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCCCCGAGGTGCGTCTTGCTGCTTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAggcggcg < 2:300039/251‑1 (MQ=255) ttgtttgtAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGgcggcggcg < 1:156921/249‑1 (MQ=255) 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cATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACgctgt < 1:87702/250‑2 (MQ=255) ccTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTTCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACgctgttgctg < 1:25996/251‑7 (MQ=255) ccTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAATGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCt > 1:111305/1‑224 (MQ=255) ccTGGAACACCAGCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAATGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCATCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCt < 2:111305/224‑1 (MQ=255) tCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGGGCGGGGGAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGc > 2:66711/1‑251 (MQ=255) gAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGCAAACt > 1:61531/1‑251 (MQ=255) cTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCcagc > 1:254462/1‑250 (MQ=255) | CACCATCCGTCACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACC‑GTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAATGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGCTACTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCCAGC > NC_000913/4625797‑4626275 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |