| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,625,044 | A→G | Q50Q (CAA→CAG) | serB → | phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,625,044 | 0 | A | G | 91.4% | 96.1 / ‑1.1 | 37 | Q50Q (CAA→CAG) | serB | phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (16/16); total (17/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
TTGAGACTTAATGTTGCCAGAAGCAATGGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACCGCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCC > NC_000913/4624808‑4625287 | ttGAGACTTAATGTTGCCAGAAGCAATGGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAAt > 1:69716/1‑250 (MQ=255) aaTGTTGCCAGAAGCAATGGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCa > 1:250709/1‑250 (MQ=255) aTGTTGCCAGAAGCAATGGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCaaa < 1:373387/251‑1 (MQ=255) gCCAGAAGCAATGGATACAAGGGAGCCGCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTTCAGGAGCCTTAATGCCTAACATTTCCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTgg < 2:123986/250‑1 (MQ=255) aGAAGCAATGGATACAAGGTAGCATCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATTCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGATGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTgg > 2:376953/1‑250 (MQ=255) aGGTAGCCTCATTCGCTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGTCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGAttgtt < 1:4914/251‑1 (MQ=255) aGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGACTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACAAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGAttgtt > 1:309461/1‑251 (MQ=255) tcagCGTTAGTTTCCCTGTTTCTGACGAGTTTACAGTAGCCTTAATGCCTACCAGTACCCGTTGCTACCTGCCTGAAGATGACTCTTTTTGGCCGGGTCTGCCTGTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTTGTGGGCTGGATAAACAGTGTCTTACCCAATACCATAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCt < 2:203831/246‑1 (MQ=255) cATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTg < 1:364485/250‑1 (MQ=255) cGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGTCTATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTc < 1:338019/251‑1 (MQ=255) 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ttATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGa < 1:24855/248‑1 (MQ=255) tATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGt < 1:30053/250‑1 (MQ=255) aTGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCg > 1:52430/1‑251 (MQ=255) 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TTGAGACTTAATGTTGCCAGAAGCAATGGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACCGCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAAATTGCC > NC_000913/4624808‑4625287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |