| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,605,791 | A→G | intergenic (‑128/‑13) | fhuF ← / → yjjZ | ferric‑siderophore reductase FhuF/DUF1435 domain‑containing protein YjjZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,605,791 | 0 | A | G | 97.0% | 95.3 / ‑4.3 | 33 | intergenic (‑128/‑13) | fhuF/yjjZ | ferric‑siderophore reductase FhuF/DUF1435 domain‑containing protein YjjZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (20/12); total (20/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
TTTTGCGATCGTCGCCCGCACGGCTTGCGCAAGCGTGGGATCCTGCGGCTGGAGATGCGTTCGCCAGATGACATCTTCATAGAGCGGTGCGGAACGATAGGCCATAATCGGGATAGTAATCTAAATGATAATGATTGCTAATCATAGCGATAGGTTTACCCGATAGCAAGGGATTTATCTGGCTTGCAAATGATAAAAATTATCATATGATATTGGTTATCATTATCAATGAAAGAGATGAAATCATGTTGCAACGTACGCTGGGCAGTGGCTGGGGAGTGTTGCTGCCGGGATTGCTGATTGCAGGGCTGATGTATGCGGATTTATCGTCAGATCAGTGG‑CGGATTGTCATTCTGATGGGATTAGTATTGACGCCGATGATG‑CTGTATC‑ACAAACAGTTGCGGCATTACATTTTGCTACCATCGTGCCTGGCACTTATTGCTGGCATCATGCTGATGATAATGAATTTGAATCAGGG > NC_000913/4605559‑4606036 | ttttGCGATAGTCGCCCGCACGGCTTGCGCAAGCGTGGGATCCTGCGGCTGGAGATGCGTTCGAAAGATGACATCTTCATAGAGCGGTGCGGAAAGATAGGCCATAATCGGAATAGTAATCTAAATGATAATGATTGCTAATCCTCGCGATAGGTTTACCCGATAGCAAGGGCTTTATCTGGCTTGCAAATGATAAAAATTATCATATGTAATTGGTTATCATTTACCATGAGAGAGGTGAAATTATGTTg > 2:210992/1‑251 (MQ=255) 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aTGAGAGAGATGAAATCATGTTGCAACGTACGCTGGGCAGTGGCTGGGGAGTGTTGCTGCCGGGATTGCTGATTGCAGGGCTGATGTATGCGGATTTATCGTCAGATCAGTGG‑CGGATTGTCATTCTGATGGGATTAGTATTGACGCCGATGATG‑CTGTATC‑ACAAACAGTTGCGGCATTACATTTTGCTACCATCGTGCCTGGCACTTATTGCTGGCATCATGCTGATGATAATGAATTTGAATCAggg > 1:366844/1‑250 (MQ=255) | TTTTGCGATCGTCGCCCGCACGGCTTGCGCAAGCGTGGGATCCTGCGGCTGGAGATGCGTTCGCCAGATGACATCTTCATAGAGCGGTGCGGAACGATAGGCCATAATCGGGATAGTAATCTAAATGATAATGATTGCTAATCATAGCGATAGGTTTACCCGATAGCAAGGGATTTATCTGGCTTGCAAATGATAAAAATTATCATATGATATTGGTTATCATTATCAATGAAAGAGATGAAATCATGTTGCAACGTACGCTGGGCAGTGGCTGGGGAGTGTTGCTGCCGGGATTGCTGATTGCAGGGCTGATGTATGCGGATTTATCGTCAGATCAGTGG‑CGGATTGTCATTCTGATGGGATTAGTATTGACGCCGATGATG‑CTGTATC‑ACAAACAGTTGCGGCATTACATTTTGCTACCATCGTGCCTGGCACTTATTGCTGGCATCATGCTGATGATAATGAATTTGAATCAGGG > NC_000913/4605559‑4606036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |