| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,540,114 | A→T | intergenic (‑613/‑843) | nanC ← / → fimB | N‑acetylneuraminate outer membrane channel/Type 1 fimbriae regulatory protein FimB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,540,114 | 0 | A | T | 81.0% | 36.1 / 6.5 | 22 | intergenic (‑613/‑843) | nanC/fimB | N‑acetylneuraminate outer membrane channel/Type 1 fimbriae regulatory protein FimB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base T (11/6); total (13/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
TTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAATG > NC_000913/4539877‑4540335 | ttGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACACCAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTTTCAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACa > 1:331344/1‑250 (MQ=255) cATTGACTTTCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAg < 1:280121/251‑1 (MQ=255) tGACTATCTTGGTGCACCTTTATAACTGATATACCAGATAAACAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTATTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAACTAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTACAAGCTAACTCAGTGAGCtt > 1:150206/1‑251 (MQ=255) gACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTg > 1:200176/1‑251 (MQ=255) tCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTAAACCAGATCAACAATCAAGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGTGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGAAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGa > 1:303400/1‑250 (MQ=255) accttttcttctaaaacAAAAATCACGCAATTCATACAACAAAATCAGACTTACAATTCGTTTCACAAAATACGTCGATTTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTTAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGATCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTGAATAGTCTAAACAAGGTGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCATTGTTTAccca < 2:282301/234‑2 (MQ=255) aTCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCa < 1:308311/251‑1 (MQ=255) acaaAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACAAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTAAAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTGGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGttt < 1:130509/251‑1 (MQ=255) aCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGGCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGAGGCCAGGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTgg < 1:110908/251‑1 (MQ=255) tttGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTtgtg > 1:314873/1‑251 (MQ=255) caAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCAc > 1:319476/1‑251 (MQ=255) aTCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTg > 1:65476/1‑155 (MQ=255) aTCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTg < 2:65476/155‑1 (MQ=255) tcgtagagGAAGATGCCAGGTGAAGCCAGACGAACACTGGCTGTGGTCTTCAAAAGCTAATGATCTGAGTTTAACTTTTTTTTTTATAAAAAATTTGATGATAGGTTAAATAAGGGGATCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGTTGAAAACCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGTAGTCGATCTGga < 1:369732/246‑1 (MQ=255) aTGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGTTGTTgg > 1:188770/1‑251 (MQ=255) gACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAggg > 1:92022/1‑250 (MQ=255) ggtCTCCAAAAACTAAAGAATTTATTTTAACTATTTTTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGCTTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAATTCAGTGAGTTTGGTGAAAATCAGTGTTTCCCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTGGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAgt < 1:109048/251‑1 (MQ=255) tcaataattAAAGATCTTAGGTTAATTATTTGTTTTTTAAATAATTTGGTTAGAGTCAAAACAAGGGGAGCTTTGCTAGCTATCTCAGTTAGCTTGGTGAAAATTAGTTTTTCTCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCTCTTAgttt < 2:314873/240‑1 (MQ=255) tCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGTTGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCg > 1:312698/1‑251 (MQ=255) aGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGGCGATCTGGAGAGGCTTGTTGGTGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCCATTAGTTTGTTTGCCGTATTGccccggg > 1:75223/1‑246 (MQ=255) tttAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCACGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGCGGTTTCAGGATGATGTTTCAATTAGTGTGTTTGCCGTATTGCCCGGCGAAt > 1:166862/1‑251 (MQ=255) ttAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGGTGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGGCGTATCGCCCGGCGAATg > 1:360815/1‑251 (MQ=255) | TTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAATG > NC_000913/4539877‑4540335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |