| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,518,627 | C→A | P34H (CCT→CAT) | insA7 → | IS1 family repressor protein InsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,518,627 | 0 | C | A | 93.2% | 118.2 / NA | 45 | P34H (CCT→CAT) | insA7 | IS1 family repressor protein InsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base A (28/13); minor base T (1/2); total (30/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGG > NC_000913/4518387‑4518862 | tGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTaa > 1:87401/1‑250 (MQ=255) cTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATg > 1:369566/1‑251 (MQ=255) cTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATg > 1:270452/1‑251 (MQ=255) aGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTA‑CAGT‑TCACt < 1:87935/251‑1 (MQ=255) aTGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTAACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAGTTTAAGGTGCTTGCGAGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGAGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAACGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTACAACATGGCAACTA‑CAGT‑TCACTTac > 1:293742/1‑251 (MQ=37) gACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACGGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCCTCTTACTGCTTTAGTGTATGATGTAGATTTTAAGGCGCTTGCGCGGCTTCCATTTCAATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGTTGCGTAACGGCAGAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCGGCGCTATCTCTGCTCTCTTTGCCGTAAAACATGGACACTA‑CTGT‑TCACTTaccc > 2:197985/1‑249 (MQ=255) tgtgGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCtctc > 1:185920/1‑250 (MQ=255) 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> 2:60980/1‑174 (MQ=255) gatgGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAGCCCg < 1:60980/174‑1 (MQ=255) gATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGGCCTTCCTGCTACGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGAAACTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCaa > 1:33325/1‑250 (MQ=255) tattAAAGTGCTTACGTGGCTTCCATTTCCCTCAGTTGTCCTTGCTGATCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TTCAGTAC‑ATAATCCCTATCTCTGCTCTGATTGCAGTACACCATGGCACCTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGCAAATCATTGATATGGACATGAATGTCGTCGGATTACGCGCCAGTGCACGCATTATGGGcataggcatctaccc > 2:106845/3‑237 (MQ=255) 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cTTGCGTGGCTTCCATTTCCATAAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑TTAAGCGCTATCTCTGCTCTCAATGCCGTAAAACATGGCACCTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATAATTGATATGGACATGCAGGGCCACTGATGTCGCGCCAATGCACGCATTATGGTCGTTGTCCACATCACGGCTTTActt > 2:119749/1‑249 (MQ=255) ccatttccatCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAAc > 1:292399/1‑251 (MQ=255) ccatttccatCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACAA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCACGCCAGAGACCGAATTATGGGCGTTTGCCTCAACAAGGTGTTACGTCAATTaaaaaa > 2:351027/1‑250 (MQ=17) atttccatCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCCGAAAATCCTTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTc > 1:147262/1‑251 (MQ=255) gATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCTCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGt > 1:89836/1‑251 (MQ=255) aTGTCCTTCCTGCCCCGCTACTGAAGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCCC‑TGCCGGCC‑ATCAGCGCTATCTCTGCCCTCATTGCCGTAAAACAGGGCAACTA‑CAGT‑TCCCTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTc < 1:196850/251‑1 (MQ=17) 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TGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAC‑TGCCGGAC‑ATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTA‑CAGT‑TCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGG > NC_000913/4518387‑4518862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |