| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,514,983 | A→C | V565V (GTT→GTG) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,514,983 | 0 | A | C | 95.7% | 217.6 / ‑2.5 | 69 | V565V (GTT→GTG) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base C (36/30); total (37/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
CACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCAT > NC_000913/4514740‑4515224 | cacaTACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTg < 1:297995/250‑1 (MQ=255) cGCATAGCTGGCATAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGCTCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATAGCGCGTTTTGCCAAGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGACTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAACGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGACGTCAGCGCGCAGTCGTCGTACCGGATAACGAGTTCCCAGTTTCGCGCTTTTTCCGGG‑TCCACATTGCCGAttt > 2:276605/1‑251 (MQ=255) cATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGc > 1:36945/1‑251 (MQ=255) ggtGGCGGAGATGGAAACGTTTTCAAGCCTTGGCGTTAGCGTCCCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGGGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTGCTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAg < 2:380188/249‑1 (MQ=255) 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ccccATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATg > 1:30234/1‑251 (MQ=255) cccttttCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTCTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCATTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATCAAGCTTCCAGCTGTCAGTCAGCGGACAGCGCCCGTTCAACCCCGGAAGCGGTGCGTTCTAGATCACTTCTTCGTGCGGGTCTGTGCTGGCGTTGCTCTGGTAtt > 2:40404/5‑249 (MQ=255) tCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATCGCTCCCTTCTTCGTGCGTGCCTGTGCTGACGTTGTTCTGGTATGACTCgtt > 2:292051/1‑249 (MQ=255) cgTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGtt < 1:247354/251‑1 (MQ=255) cgtcgtcgtAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCAt > 1:74890/1‑250 (MQ=255) cgtcgtAGCGGGTACCGAGTTCCCAGTTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCTGTGCGt < 2:58596/177‑1 (MQ=255) cgtcgtAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGt > 1:58596/1‑177 (MQ=255) ggCGGGTACCGTGTTCCCAGGGTCGCGCTTTTTCCGGT‑TGCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTCGCCCTTCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGATTGCACAAAGCTTACAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCCACGACGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCTGGCGTg < 2:113279/250‑1 (MQ=255) aGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGAGCAGTTTTCGGA‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGACGAACGGTCCTTCAGGGTTTGCATAAAGATTCCAGGTGTCAGTCAGGTGATAGCGCACGTTCAACGCGGGAAGCGGATCGTTAGAGATCACTTCTTCGTACGTGCTTGTGAAGGCGGTGTTCTTGTATGACTCGAGATGtgtgtaaaccaaagagggcgtg > 2:103281/1‑230 (MQ=255) ggTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATgg < 1:5177/251‑1 (MQ=255) ggTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGACGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGGTGATCTGGTATGACTCGCTATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATgg > 1:76751/1‑251 (MQ=255) gTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGCGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTAAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGAGGGAGTTGTTATGGTAGGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGCTGGt > 2:292938/1‑251 (MQ=255) aCCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTcc < 1:55485/251‑1 (MQ=255) ggTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGt > 1:50599/1‑251 (MQ=255) tCGCGCTTTTTCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCg < 1:216827/250‑1 (MQ=255) ttCCGGT‑TCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCAt > 1:351664/1‑251 (MQ=255) | CACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGT‑TCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCAT > NC_000913/4514740‑4515224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |