| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,707,947 | C→A | intergenic (‑242/+669) | dppA ← / ← proK | dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein/tRNA‑Pro |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,707,947 | 0 | C | A | 92.0% | 59.4 / ‑4.8 | 25 | intergenic (‑242/+669) | dppA/proK | dipeptide ABC transporter periplasmic binding protein/tRNA‑Pro |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (9/14); total (10/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
ACGCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGCCAGGGCCAGCCATAAGTAACGCAAAAAAAGATTTAAGCA > NC_000913/3707700‑3708182 | aCGCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCcacaaaca < 1:169461/251‑1 (MQ=255) gCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCAcaaacaaa < 1:246661/251‑1 (MQ=255) tattcctccccaaatgggaggtttgttGTTTTAGCCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTGTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTGTGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAGCATCAGGGTAACAGTGCGGAGCCTCCATAAAATGCCCCTCGGGACCTACAATCTGTCAACAGAGTGTGAAAACGGCCATAGAGCCGACCGGGATTTACACCATCAGTGAGAATCAACACACAAAGaa < 2:46195/230‑2 (MQ=255) attCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGAtt < 1:244108/250‑1 (MQ=255) aTTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAATGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACTGTGCGGATCCTCCATAAATTCCCCCTCGTGACCTACAATTTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACCGACAACCGGGATTTACACAAACGGTGCGAATACACAAATAAAGAATaaaaaatatta > 1:23858/1‑245 (MQ=255) tgtgATGTTTTTTGTTTTACCCCTTTGCAGTGGGTTGTCTCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCATTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAATCAAAGATTAAAAAAACTTCaa < 2:361947/250‑1 (MQ=255) gttTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTgca < 1:319597/250‑1 (MQ=255) ttttAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACATTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAACCTTAAAAAAGCTATTTgcagc > 2:161670/1‑251 (MQ=255) tttAACCCTTTGCAGTTGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAATCAGCTATTTgcagc < 1:281925/250‑1 (MQ=255) cAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTtgtg < 1:100739/251‑1 (MQ=255) gCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGAc < 1:161670/251‑1 (MQ=255) tttttgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCtt < 1:322432/250‑1 (MQ=255) ttgCCCGGTCGGGTAAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAACCAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAat > 2:148990/1‑250 (MQ=255) tgCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAata < 1:297490/250‑1 (MQ=255) tgCCCGGTCGGGACAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACCGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCCACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAatat > 1:79803/1‑251 (MQ=255) aggacggatCAACGTTATGCGGTAGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGAAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCACCTCGTGACCTACAATATATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCCAAAACAAAGATTAAAACAACTTCAACCAACTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACAA‑GAACAATCAGCTTAATAttt > 2:355952/9‑249 (MQ=255) aaCGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATc < 1:9/227‑1 (MQ=255) aaCGTTATGAGGAGGTGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTAACAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAAACCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACATCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTgg < 1:61364/251‑1 (MQ=255) aaCGTTATGAGGAGGGGATGCCGTACTAATTAACCTCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTCTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGATAATCCACACAAAAAGCTTAAAAAAACTTCACCCAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATTACCA‑GAACAATCAgatcgacagagcgtcttgtaggg > 2:9/1‑229 (MQ=255) gTGGGGAGGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTATCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTGACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGttt < 1:379977/251‑1 (MQ=255) gtgAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAAAGGTGATAATCCACAAACAACGATTCAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCAAAAATG‑CCACGAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACCTTTGGTGATTACGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGCGGCAAAGGTGAATATCTGAGCGATTAATACCATGAACACTAAAACTCACAGCGGACAATGcc > 2:381574/1‑251 (MQ=255) tgAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGcc > 1:200801/1‑250 (MQ=255) aaaaCGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGCCAgg < 1:354947/251‑1 (MQ=255) aaCCGTGATTTAAACCAACGGGGAGAATCCACAAACAAATATTAAAAAAACGTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTTCTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTGAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATTCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCAATAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGCCAGGGCCAGCCATAAGTAACg < 2:2624/251‑1 (MQ=255) ccGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGCCAGGGCCAGCCATAAGTAACGCa < 1:133168/251‑1 (MQ=255) cAACGGTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGCCAGGGCCAGCCATAAGTAACGCAAAAAAAGATTTa > 1:128662/1‑250 (MQ=255) ggTGAGAATCCACAAACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGCCAGGGCCAGCCATAAGTAACGCAAAAAAAGATTTAAGCa > 1:284800/1‑250 (MQ=255) | ACGCATTATTCTGCTCCAATTGTGATGTTTGTTGTTTTAACCCTTTGCAGTGGGTTGTCGCTGCCTGACCTTTTTTGTTTTTTGCCCGGTCGGGTCAACGTTATGAGGTGGGGATGCCGTACTAATTAACATCAGTGTAACAGTGCGGATCCTCCATAAAATGCCCCTCGTGACCTACAATCTGTCAACAGAATGTGAAAACGTCAATACAGCCAACCGGGATTTACACCAACGGTGAGAATCCACACACAAAGATTAAAAAAACTTCAAACAGCTATTTGCAGCAGAGAAATTTGTGCTACTCCAACATGACCA‑GAACAATCAGCTTAATATTTAGCAACATTTGGTGATTAAGTTTTATGCATTTAATGAAAAAAATCTGAGGAAAAGGTGGATATCTGAGCGATTAATACCATGAACGCTAAAACGCACAGCGGAAAATGCCAGGGCCAGCCATAAGTAACGCAAAAAAAGATTTAAGCA > NC_000913/3707700‑3708182 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |