| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,511,466 | C→T | V293V (GTG→GTA) | yhfZ ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator YhfZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,511,466 | 0 | C | T | 89.5% | 93.2 / ‑0.8 | 38 | V293V (GTG→GTA) | yhfZ | putative DNA‑binding transcriptional regulator YhfZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base T (19/15); total (21/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATCCCAGCATGGTCAGTTCGTTTTCCGCCACCACGTTCCAGATCACCGCATCGACATCGCCTTTAACAATGCGTTGTAAACTCTCGTGATAAG > NC_000913/3511219‑3511707 | cTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCcacttact > 1:382003/1‑251 (MQ=255) ggCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCCTCGCCATCGTTCCTTGCTAACTGCGCACCGGCAGATGCCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCACATGACCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGACGCCTTTCGTTTAATCAATCGGTTCCAGTTCCCCACTTACTACCCGTGGTTGAt > 1:21104/1‑251 (MQ=255) ggCTATATTTCGTCCCCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCAGCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGAt < 1:45724/251‑1 (MQ=255) ctctATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATgg > 1:145683/1‑251 (MQ=255) tcACCCCGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTATGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCATTTGCAGCTGTCATTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGGTGAGTCTGGTGTACATATCAGATGCCTCTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCAATTACTTCACATTGTTGATGGGAGAGCacgg > 2:343579/1‑248 (MQ=255) cccacGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCg < 1:1239/250‑1 (MQ=255) gCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTa < 1:79011/251‑1 (MQ=255) 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gacCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCtgtg < 1:81567/251‑1 (MQ=255) acCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGa < 1:380057/251‑1 (MQ=255) gCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAACATTCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAAt > 2:120828/1‑251 (MQ=255) cAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATc < 1:221955/251‑1 (MQ=255) aTGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATccc > 1:104661/1‑250 (MQ=255) tATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAAATCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCCGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCAACGCCTCGCGTCCGGACCACTGCTTCGATGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTACTCCCAGCACGGt > 2:370548/1‑251 (MQ=255) 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gTTGAGTCTGGTTTCCCTATTAGACTCCTTTCGTTTAATAACTCGTTTCCTGTTCCCCTCTTACTACCCTGTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTTTTGCATTGGGTAATCAGCGACTCGCGTCAGGTCCACGGCTTCTGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATCCCAGCATGTTCAGTTCGTTTTCCGCCTCCACGTTCCa < 2:184051/250‑1 (MQ=255) ggTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATCCCAGCATGGTCAGTTCGTTTTCCGCCACCACGTTCCAGATCACCg < 1:343579/249‑1 (MQ=255) tCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCAATTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATAGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATCCCAGCATGGTCAGTTCGATTTCCGCCACCACGTTCCAGATCACCGCATCg > 1:262026/1‑250 (MQ=255) 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taaCTCGGTTCCTGTTCCCCACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATCCCAGCATGGTCAGTTCGTTTTCCGCCACCACGTTCCAGATCACCGCATCGACATCGCCTTTAACAATGCGTTGTa > 1:347052/1‑250 (MQ=255) ccccACTTACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATCCCAGCATGGTCAGTTCGTTTTCCGCCACCACGTTCCAGATCACCGCATCGACATCGCCTTTAACACTGCGTTGTAAACTCTCGTGATAag > 1:317557/1‑249 (MQ=255) | CTCGTTATCCAGCGGCTCTATTTCTTCACCACGGCGACTGCGCATCAGTGCACTCGCCATATGTGTCATCGCCATCGTTCCTTGCTCACTGCGCACCGGCAGATGGCACTCTGTTTCCAGTACGTTGACGACCTGCATCATGCCTTTGCAGATGTCCTTATCAATAACGCCTGCCTCGCAAAGCAGGTTGAGTCTGGTTTCCATATCAGATGCCTTTCGTTTAATAACTCGGTTCCTGTTCCCCACTCACTACCCGTTGTTGATGGGCGAGCAGGGCGTGTTTATCTACAACGGCACGCAGCAGTTGTTGCATTGGGTAATCATCGACTCGCGTCAGGACCACGGCTTCGGTGGCCTGTAAAAATCGCGGATCGTCTGTGAGCGGCGTCGCCTCTAATCCCAGCATGGTCAGTTCGTTTTCCGCCACCACGTTCCAGATCACCGCATCGACATCGCCTTTAACAATGCGTTGTAAACTCTCGTGATAAG > NC_000913/3511219‑3511707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |