| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,400,207 | G→A | T294I (ACC→ATC) | mreB ← | dynamic cytoskeletal protein MreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,400,207 | 0 | G | A | 94.7% | 99.5 / ‑2.3 | 39 | T294I (ACC→ATC) | mreB | dynamic cytoskeletal protein MreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (16/20); total (19/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
TTCATAAGTTATGCGTATTCTCGTATCAGACCAGGCAGGGTAAACAGACACTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCCACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCTTGATACGTTCTGCGG > NC_000913/3399974‑3400447 | ttcttAAGTTATGAGTATTCTCGTATCAGACCAGGCAGGGTAAACAGACACTTCCCCTGCCTGCATCATATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCAGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCCCCGCGCGCCACACAGGCCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGATTCTACCATTACCAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGACGAGCCCCATgacaccc > 2:189636/5‑245 (MQ=255) aTAAGTTATGCGTATTCTCGTATCAGACCAGGCAGGGTAAACAGACACTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCg < 1:150255/251‑1 (MQ=255) gTATTCTCGTATCAGACCAGGCAGGGTAAACAGACACTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCgg > 1:317379/1‑250 (MQ=255) aTCAGACCAGGCAGGGTAAACAGACACTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTcc < 1:222494/251‑1 (MQ=255) aCCAGGCAGGGTAAACAGACACTTCCCCTGCCGGCAGCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCcggcgg < 1:337644/251‑1 (MQ=255) caggGTAAACAGACACTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGTCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTg < 1:249278/251‑1 (MQ=255) gggTAAACAGACACTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGtt > 1:274216/1‑251 (MQ=255) 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gCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTATTCCATTAACAAACGATCAAGGTTACGAAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCAGCAATGCTTCGAGGAtt > 1:51175/1‑251 (MQ=255) cggtcttttCCAGCGCTTGGCCGCCCCCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCCTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGAGGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCTCTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCAtt < 2:195268/244‑1 (MQ=255) gcCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTc > 1:319263/1‑251 (MQ=255) 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ccATTAACCAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCCACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCGCCCGGATaa < 1:13833/251‑1 (MQ=255) ttACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCCACGAACTTCGGTTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCtt > 1:84045/1‑251 (MQ=255) gcagcaGTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCCACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCTTGATa < 1:307442/251‑1 (MQ=255) cagTGCGCCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCCGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTAAGGCCACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCACCCGGCTAAACCGAACCGATTTCGTGCTTGATACGtt > 1:354994/1‑251 (MQ=255) gcCACCACCGATGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGAGCACTGGTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGTTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGGTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCCACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCTTGATACGTTCTGCgg > 1:306680/1‑251 (MQ=255) | TTCATAAGTTATGCGTATTCTCGTATCAGACCAGGCAGGGTAAACAGACACTTCCCCTGCCTGCATCCGATTACTCTTCGCTGAACAGGTCGCCGCCGTGCATGTCGATCATTTCCAGCGCTTTGCCGCCACCGCGCGCCACACAGGTCAGCGGGTCTTCAGCAACAACGACTGGAATGCCGGTTTCTTCCATTAACAAACGGTCAAGGTTACGCAGCAGTGCGCCACCACCGGTGAGCACCATGCCGCGCTCGGAGATGTCGGAAGCCAGTTCCGGCGGGCACTGTTCCAGTGCAACCATTACCGCGCTCACAATACCGGTCAGCGGTTCCTGCAGTGCTTCGAGGATTTCATTGGAGTTCAGGGTAAAACCGCGTGGAACACCTTCTGCCAGGTTACGGCCACGAACTTCGATTTCACGGACTTCATCGCCCGGATAAGCCGAACCGATTTCGTGCTTGATACGTTCTGCGG > NC_000913/3399974‑3400447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |