| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,329,743 | G→T | D261Y (GAT→TAT) | dacB → | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,329,743 | 0 | G | T | 90.0% | 51.0 / ‑4.5 | 20 | D261Y (GAT→TAT) | dacB | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base T (8/10); total (8/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCC > NC_000913/3329503‑3329967 | gCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTaa < 1:137911/250‑1 (MQ=255) ggTGATATGGCTTTTATACGCGTGCCAGCTTATTACCCCGTTATTATGTGCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGTAATTCTGCGAACTGGATGTGGTGCTGGTCGACCTGATCCGCTGTACGCGGAGGGGATGCCTGCTACAAGGTTTTGAGCCGCTCTCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTAt < 1:218907/251‑1 (MQ=255) tGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGGATc > 1:94752/1‑250 (MQ=255) atatGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCAcc > 1:20840/1‑251 (MQ=255) gCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCCGGAGCGGGACACTGCTgcg > 1:244635/1‑251 (MQ=255) tattaCCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGa < 1:114714/250‑1 (MQ=255) gATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGAGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCACTTCTGCAATATGAGTTACAACAGGCGGGTATCACCAGGGGCGAAAACCTGCTGCGCCCGAccacagttaacaaa > 1:344674/1‑237 (MQ=255) gTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGt > 1:238738/1‑251 (MQ=255) ccTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGa < 1:223/199‑1 (MQ=255) gCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGcccc < 1:288848/248‑1 (MQ=255) aaCTGGATGTGGCGCCAGGCGACATGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTACTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGGATACCCCGGAGCGGACCACCGCAGCACCAGCCACAGGTTTAAAAGCCAGGAACCGTAGCAGCCAGTAAACAATCGGCCCCGcgcacagacatgatttagact > 2:234115/1‑231 (MQ=255) aCTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGATCCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGTCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTa < 1:35792/251‑1 (MQ=255) tggtgCCAGGCGACCTGACCCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAAc < 1:263971/193‑1 (MQ=255) gCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGGATAACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGGCAACATGATCGcc > 1:382310/1‑251 (MQ=255) gTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCCGGAGCGGAAAACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGGTGCCAGTAAAAAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAATCGGACAAAAAGATCGCCGCTACGGTTTTTCGCATTAAAGGCCATgcc > 1:310556/1‑250 (MQ=255) gatcggcttccttgggCTGTTGCCGTGCAGGATTGAGACAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCTGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGATCCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGAGTATGCTGAAAAAGCCGGACAACATGAGCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCt < 2:77532/236‑1 (MQ=255) ggctttgtccGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACGGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGaa < 2:20840/243‑1 (MQ=255) ggAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCCCCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGATTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGa < 1:265445/251‑1 (MQ=255) ccAGCTATGCCGGGGCAATTCTGAAATATGTGTTAAAACAGGCGGGTATCCCCCGGAGCGGAACACTGCCGCGCCAGCCGCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCGGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGACCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCAGGGTCGTACGcc < 2:94752/251‑1 (MQ=255) tATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATc < 2:127170/133‑1 (MQ=255) | GCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCC > NC_000913/3329503‑3329967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |