| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,296,481 | G→A | V25M (GTG→ATG) | dolP → | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,296,481 | 0 | G | A | 93.9% | 132.1 / ‑1.1 | 50 | V25M (GTG→ATG) | dolP | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (18/28); total (19/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
ATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCG‑TAGTGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGC‑GTAGACGGTGCCAA > NC_000913/3296242‑3296722 | aTGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATCCATTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGCTGATTAAGGAGAATACATGAAGGCCTTATCGCCAATCGAAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGCTGCCGCTCCCG‑TAATGGGTCCCgct > 1:163593/1‑251 (MQ=255) ggactgcggctAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCCCAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTGATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCG‑TAATGGGTACCgcg < 2:96963/245‑2 (MQ=255) cggcggCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCG‑TAATGGGTACCGctgctg > 1:262606/1‑251 (MQ=255) gAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCG‑TAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTAc < 1:360767/251‑1 (MQ=255) 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gCCGCTGCCG‑TAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGC‑GTAGACGGTg < 1:349876/250‑1 (MQ=255) gCTGCCG‑TAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGC‑GTAGACGGTGCCaa < 1:164562/251‑1 (MQ=255) gacG‑TAATGGGTACCGCGGGTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCCGTGTCGGCCCCCAGGTGGACGATAGTCCCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGCAGGACGAACAGAATAAGACCGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGACAAGAGATGCAGGCTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGATCGCGCCCAACATATTGCTA‑GGGCAGTAGCCTGTGCCaa > 2:96161/3‑248 (MQ=255) | ATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCG‑TAGTGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGC‑GTAGACGGTGCCAA > NC_000913/3296242‑3296722 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |