| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,806,897 | C→A | R296R (CGC→CGA) | proW → | glycine betaine ABC transporter membrane subunit ProW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,806,897 | 0 | C | A | 90.0% | 45.9 / ‑2.4 | 21 | R296R (CGC→CGA) | proW | glycine betaine ABC transporter membrane subunit ProW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base A (3/15); total (4/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
TTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTG‑GCGATGCCGACCATTATGGCG‑GGCGTTAACCAGACGCTGATGC‑TGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGA‑TGGTACTTCGCGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCG‑GGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAAT > NC_000913/2806659‑2807133 | ttGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTG‑GCGATGCCGACCATTATGGCG‑GGCGTTAACCAGACGCTGATGC‑TGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGATGGGTCAGA‑TGGTGCTTCGAGGTATCGgt < 1:278944/248‑1 (MQ=255) 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TTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATCTGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTG‑GCGATGCCGACCATTATGGCG‑GGCGTTAACCAGACGCTGATGC‑TGGCCCTTTCTATGGTGGTCATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGA‑TGGTACTTCGCGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCG‑GGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAAT > NC_000913/2806659‑2807133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |