| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,054,855 | G→A | Q442* (CAG→TAG) | torS ← | sensor histidine kinase TorS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,054,855 | 0 | G | A | 94.1% | 86.5 / ‑2.3 | 35 | Q442* (CAG→TAG) | torS | sensor histidine kinase TorS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (10/22); total (11/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.92e-01 | |||||||||||
AAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCG > NC_000913/1054623‑1055096 | tcgggCTCGTCGCAGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGACTAATCGCGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGCGTCAGTAATTGCCCGCAACTCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCAAGAATACCGTACAGCGGGGTGCGGCTATCATGGCTCCTCGCCGCCCGCACAGCCGACTTTGCCAAGCTGGCTTTTTCtctttc > 2:84043/3‑246 (MQ=255) gggCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTccc > 1:212055/1‑250 (MQ=255) ggACCGAAACATTTGTGCCACCTGCTTCGAGAGCGGAATAATCGAGAATAGCTTTGAGGAGGTTCAGTAACGATTCACCAGATTCAGTAATTGCCCGCAAATCAACACGTTGGGCGTTAAGGGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCTGATCTCATGGCTCATCTCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCTCCCGTGCCTGt < 2:197538/250‑1 (MQ=255) gAAACATTCTTTCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGATGATGGTCAGCAACGATTCGCCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCAGCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGATGTCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGgtg < 2:353761/251‑1 (MQ=255) gAAACATTCTGGCCACCTGTTTCGATAGCGGAATAAGCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGTCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGGCGgtg < 2:184648/251‑1 (MQ=255) cATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAAAAACGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCACCCGTGCCTGTCGGTGTTCt > 1:294127/1‑251 (MQ=255) cTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGACGAATCGAGAAAATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTAGCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGGAAAGCGGTGTACGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGGTTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTACGCCCGTCCCTGTCGGTGGTCtctc > 1:132525/1‑247 (MQ=255) aGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCa < 1:349537/250‑1 (MQ=255) ataatTGAGAATAACGTTGAGGATTGTCAGCAACGAGTCACCAGAGTTAGTAATTGCCCGCAAATCATCGCGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGGCGGTGTTCTATCTCCAGTTCCTGCTATTCAGCTGTAc < 2:178726/251‑1 (MQ=255) aaTATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGCTTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGCGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCAGTGGGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGCTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTg > 1:45203/1‑250 (MQ=255) gTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTgcg < 1:368662/251‑1 (MQ=255) gAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGcgccg < 1:26832/251‑1 (MQ=255) cAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTTACCTGCGCCGCCAGCTGtt > 2:146590/1‑251 (MQ=255) gcACCAGCGTCATTAATTGCCGGGAAATCATCACGCTGGGCATTAAGTGCGGGTTTATCTGCCAGCAGTTGACCAGTGCCGAGAATATCCCACAGCGTTGAGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTCCTGCTCCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCg < 2:119021/250‑1 (MQ=255) aCCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGAt < 1:113020/251‑1 (MQ=255) aTTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAAc < 1:86499/251‑1 (MQ=255) ttGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAAc > 1:81061/1‑250 (MQ=255) ggCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCa < 1:120900/251‑1 (MQ=255) gTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAgcc < 1:215730/251‑1 (MQ=255) aaGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAgccgcc < 1:129439/251‑1 (MQ=255) ggggTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATgg < 1:139895/251‑1 (MQ=255) gCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATTCCGTACAGCGGTGTGCGTGTCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCGTCCGCCCGTGCCTTGCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACTCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTTGCGGTGGCGATGCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCTCCCGATGGTATCCa < 1:184471/247‑1 (MQ=255) cAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCg < 1:202449/251‑1 (MQ=255) gCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCAGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGttt > 1:217882/1‑251 (MQ=255) cGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTcc < 1:382576/251‑1 (MQ=255) gTACAGCGGTGTGCGGATTCCTTGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGACGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAgggg < 2:132710/251‑1 (MQ=255) aGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTc < 1:84043/251‑1 (MQ=255) gtgCGGTTCTCATTGCTCACTGCCGCCATGAACGCCGATGTGTCCTATCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGCCGGTGTTCTATCGCCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATGGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGTGGAGTCAATATc < 2:136259/251‑1 (MQ=255) tgCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATc > 1:230875/1‑250 (MQ=255) acatcagtgctcaccgccgtcaataaCGTCGATTTTGCCTGGCGGGCTTTTGCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCTTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACATGCGCCGACAGCTGGTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGACTCGCACCTAACAGCCGCCCGATGGCATCCAGCCCCCGTATGCCAGGGGTTTCCGGGAAATGTGAGTCAAGATCACCGTc < 2:45203/227‑1 (MQ=255) aTCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTc > 1:120261/1‑251 (MQ=255) tCATCGCAGCCAGAAACACCGATTTTGCCTCGCTGGCTTTTTATGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCCATTCAGATGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGCAGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGACGt > 2:245552/1‑251 (MQ=255) ccatcgcttccggAAACGCCGATTTGGCCTAGCTGGCTTTTTCTGTTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTTCAATTCAGCTGTACGTGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTTGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTTCGAATCGCATCCAGCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTCCGCCAGCTGTTTCCGGGAAAGGGTAGTCAATATTACCGTCCAGCAGCCGt < 2:212055/239‑1 (MQ=255) cGCCGATTATGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTACCTGCAAGTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGACGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGAGACAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGGTCCCGTACGCAAGCGGGTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGttt < 1:182374/251‑1 (MQ=255) aTTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCAGCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCTGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCg < 1:239534/251‑1 (MQ=255) | AAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCG > NC_000913/1054623‑1055096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |