| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 602,835 | G→A | A293T (GCT→ACT) | pheP → | phenylalanine:H(+) symporter PheP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 602,835 | 0 | G | A | 92.9% | 64.4 / ‑1.8 | 29 | A293T (GCT→ACT) | pheP | phenylalanine:H(+) symporter PheP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (17/9); total (18/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 | |||||||||||
GCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGG > NC_000913/602588‑603081 | gCTGATGTTGTCGTTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCTGTCTGGAGCTTATTGGGAGTACTTCTGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCTTCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTGTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTTGAAGTGAAAGCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTACCtt < 2:346422/251‑1 (MQ=255) tGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGGCTGGAGCTGGTTGGGATTACTGCCGATGAAACGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATACGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGATCACTGGGGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAAGCCGCTTGCTATGATTTTCCCTAATCTCGACAGCAAAGTGGGAGCTTCTGCGCTg > 1:18912/1‑251 (MQ=255) ttCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGc > 2:130429/1‑251 (MQ=255) ttCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATAGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGAAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGAGGTAACTTCTGCGCTGACCTTCGTCATTATGGTAGc > 2:373574/1‑251 (MQ=255) cTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCGGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGGGATGATTTTCCATAATCTCGACAGACACGGGGTAACTTCGGCGTTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGc > 2:314527/1‑251 (MQ=255) ggATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGtt < 1:54585/251‑1 (MQ=255) cGGTAAATAAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTACTTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCTGGGTAATggg > 1:252946/1‑249 (MQ=255) aTCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTa > 2:82145/1‑167 (MQ=255) aTCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTa < 1:82145/167‑1 (MQ=255) aTCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAg < 1:249749/251‑1 (MQ=255) cGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCATCAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCAGCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCg < 2:58072/197‑1 (MQ=255) cGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCg > 1:58072/1‑197 (MQ=255) 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cGACAGCAACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTctgc < 1:314527/248‑1 (MQ=255) cGACAACAACGTGGTAACTTCTGCGCTGTACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTctgctg > 1:308221/1‑250 (MQ=255) gACAGCCACGTGGTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGAt > 1:60824/1‑251 (MQ=255) ggTAACTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCTTGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGCCTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGCGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTACTCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGCTGGCGTtggggg > 2:88660/1‑248 (MQ=255) | GCTGATTTTGTCGCTGGCGGTAATTATGTTCTCCTTCGGCGGTCTGGAGCTGATTGGGATTACTGCCGCTGAAGCGCGCGATCCGGAAAAAAGCATTCCAAAAGCGGTAAATCAGGTGGTGTATCGCATCCTGCTGTTTTACATCGGTTCACTGGTGGTTTTACTGGCGCTCTATCCGTGGGTGGAAGTGAAATCCAACAGTAGCCCGTTTGTGATGATTTTCCATAATCTCGACAGCAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGG > NC_000913/602588‑603081 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |