| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 48,033 | T→G | C89G (TGT→GGT) | kefC → | K(+) : H(+) antiporter KefC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 48,033 | 0 | T | G | 86.7% | 112.3 / 6.8 | 45 | C89G (TGT→GGT) | kefC | K(+) : H(+) antiporter KefC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/4); new base G (21/18); total (23/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
GATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATC‑GGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCTGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGC > NC_000913/47786‑48259 | gATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATC‑GGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCggtg < 1:139376/251‑1 (MQ=255) gATTTATATCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATC‑GGTACTTGGCTTCCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACGCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCa < 2:22661/249‑1 (MQ=255) ttATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATC‑GGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACGCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATg < 1:160590/250‑1 (MQ=255) gTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATC‑GGTGCTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTgc < 1:33419/251‑1 (MQ=255) 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tGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATC‑GGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCTGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGc < 1:268878/250‑1 (MQ=255) gTCTTGGTCTGGGATC‑GGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCACGCGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGATGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGATCTGCATGTTAcct > 1:380457/1‑249 (MQ=255) ggTCTGGGATC‑GGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCt < 1:315843/251‑1 (MQ=255) 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cGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGa < 1:100819/251‑1 (MQ=255) ggCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGGGGCGCATTGCAGATGGGGATTTGCGGAGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGGATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCtctc > 1:150668/1‑251 (MQ=255) ccGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGGGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTctcctc < 1:83125/251‑1 (MQ=255) ggCTGCGACTGGTGAACGATGCCGCATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCAACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCTATGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTCCTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGCCGC‑TGGGCCTCTCCTCTACGGCg > 2:316123/1‑251 (MQ=255) gctgcTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACGCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGTATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTg < 2:378708/247‑1 (MQ=255) gCGATTGGTGACCGATGTCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACTAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCATGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGTTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGAtt < 1:127209/250‑1 (MQ=255) 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aTTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAAc < 1:338765/247‑1 (MQ=255) aTTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCa > 1:176971/1‑250 (MQ=255) tCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCTGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAAt < 1:316123/250‑1 (MQ=255) tCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAAt < 1:251233/250‑1 (MQ=255) tGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCCGGGCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTgg > 1:294103/1‑250 (MQ=255) gCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGGTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCCGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGAc > 1:227747/1‑251 (MQ=255) cGAGATTGGGGTGGTGCTGATGATGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCAACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCGGATTGTGATTTGCGGCGTCCTGCTGAGGCTGTTCTGCCTGTTCTTTGGGCTTCGCTTGCCGGTCGAGGAATTGTTCTGCATGAAACATGG‑GCATTCCTCTCAGGCGAGTTCCATGCCGGCGTTGAATGAACGCAAttcatttgagccac > 2:259811/1‑238 (MQ=255) tGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCCGGCGGTGAATGAACGCAATCTGATGGTGCCGCAAATGGGTAGCAGAGcc > 1:303205/1‑251 (MQ=255) gTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGc < 1:279352/249‑1 (MQ=255) 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acaAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGCTGATTTGCGGCGGACTGCTGGGGAAGCTCTGCATGCTACTTGGGCTGCGATGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGAACC‑TGGCGCTCTCCTCTTCGGCGATTGCACTGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACACAAATGGGTCGCAGCGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCgcgggg > 1:46908/1‑248 (MQ=255) caAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGAt > 1:271626/1‑251 (MQ=255) aaGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCGGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTGGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGc < 1:112721/251‑1 (MQ=255) | GATTCAGGCGCTGATTTATCTCGGTTCGGCAGCGCTGATTGTACCCATTGCGGTACGTCTTGGTCTGGGATC‑GGTACTTGGCTACCTGATCGCCGGCTGCATTATTGGCCCGTGGGGGCTGCGACTGGTGACCGATGCCGAATCTATTCTGCACTTTGCCGAGATTGGGGTGGTGCTGATGCTGTTTATTATCGGCCTCGAACTCGATCCACAAAGGCTGTGGAAGCTGCGTGCGGCAGTGTTCGGCTGTGGCGCATTGCAGATGGTGATTTGCGGCGGCCTGCTGGGGCTGTTCTGCATGTTACTTGGGCTGCGCTGGCAGGTCGCGGAATTGATCGGCATGACGC‑TGGCGCTCTCCTCTACGGCGATTGCCATGCAGGCGATGAATGAACGCAATCTGATGGTGACGCAAATGGGTCGCAGTGCCTTTGCGGTGCTGCTGTTCCAGGATATCGCGGCGATCCCGCTGGTGGC > NC_000913/47786‑48259 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |