| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 46,943 | T→C | S379S (AGT→AGC) | yaaU → | putative transporter YaaU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 46,943 | 0 | T | C | 90.9% | 51.5 / NA | 24 | S379S (AGT→AGC) | yaaU | putative transporter YaaU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (8/12); minor base A (2/0); total (12/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGGTTTTGGGGCTAATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTCTGGCGGGCCGGGTAATTTGCAGTGGCTCTATCCTAATGAACTCTTCCCGACAGATATCCGCGCCTCTGCCGTGGGCGTGATTATGT‑CCTTAAGTCGTATTGGCACCATTGTTTCGACCTGGGCACTACCGATCTTTATCAATAATTACGGTATCAGTAACACGATGCTAATGGGGGCGGGTATCTCGCTGTTTGGCTTGTTGATTTCCGTAGCGTTTGCCCCGGAGACTCGAGGGATGTCACTGGCGCAGACCAGCAATATGACGATCCGCGGGCAGAGAATGGGGTAAATTGTTCAGATTTCTCTCTTTTCTGAATCAATATTATTGACTATA > NC_000913/46707‑47183 | cTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGGTTTTGGGGCTGATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGGGTATGCCTTTTTCTCTGGCGGGGCGGGGAATTTGCAGTGGCTCTATCCTAATGAACTCTTCCCGACAGATATCCGCGCCTCTGCCGGGGGCGGGATTTTGT‑CCTTAAGCCGTATTGGCACCAt > 1:18192/1‑251 (MQ=255) tgtgGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGGTTTTGGGGCTGGTCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTCTGGCGGGCCGGGGAATTTTCAGTGGCTCTATCCTAATGAACTCTTCCCGACAGATATCCGCGCCTCTGCCCTGGGCGGGATTATGT‑CCTTAAAGCGTATTGGCAccctt > 1:245684/1‑248 (MQ=255) ggtgGTTAAACACGGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGGTTTTGGGGCTGATCCCGGTTATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTCTGGCGGGCCGGGTAATTTGCAGTGGCTCTATCCTAATGAACTCTTCCCGACAGATATCCGCGCCTCTGCCGTGGGCGTGATTATGT‑CCTTAAGCCGTATTGGCACCAtt < 2:18703/250‑1 (MQ=255) tGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCCCTGGCGGCTTTGGGGCTGAACCCGGGAATGGGGATCTGGCTGGGAGTGAAGGGCTTTTGGGGGTATGCCTTTTTCTCTGGCGGGGCGGGTAATTTCCCGTGGCTCTATTCTAATCGACTCTTCCCGCCAGATATACACCCCTCCCCCGCGGGGGGGATTATTT‑CCTTAAGACGTATTGGCACCATTGTTTTGTCCTggg > 1:34864/1‑251 (MQ=255) 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tGATTATGT‑CATTAAGACGTATTAGCACCATTGTTTCGACCTGGGCACTACCGATCTTTATCAATAATTACAGTATCAGTAACACGATGCTAATGGGGGCGGAAATCTCTCTGTTTGGCTGGTTGATTTCCGTAGCGTTTCCCCCGGGGGCTCGAGGGATGGGACGGGAGCAGACCAGCAATATGACGATCCGCGGGCAGAGAAAGAGGTAAATTAGTCAGAGTTCTCACTTTGGTGAATCAGtattttg > 2:82843/1‑247 (MQ=255) t‑CCTTAAGCCGTATTGGCACCATTGTTTCGACCTGGGCACTGCCGATCTTTATCAATAATTACGGTATCAGTAACACGATGCTAATGGGGGCGGGTATCTCGCTGTTTGGCTTGTTGATTTCCGTAGCGTTTGCCCCGGCGACTCGAGGGATGTCACTGGCGCAAACCAGCAATATGACGATCCGCGGGCAGCGAATGGGGCAAATTGTTCAGATTTCTCTCTTTTCTGAATCAATATTATTGACtata > 1:21568/1‑249 (MQ=255) | CTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGGTTTTGGGGCTAATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTCTGGCGGGCCGGGTAATTTGCAGTGGCTCTATCCTAATGAACTCTTCCCGACAGATATCCGCGCCTCTGCCGTGGGCGTGATTATGT‑CCTTAAGTCGTATTGGCACCATTGTTTCGACCTGGGCACTACCGATCTTTATCAATAATTACGGTATCAGTAACACGATGCTAATGGGGGCGGGTATCTCGCTGTTTGGCTTGTTGATTTCCGTAGCGTTTGCCCCGGAGACTCGAGGGATGTCACTGGCGCAGACCAGCAATATGACGATCCGCGGGCAGAGAATGGGGTAAATTGTTCAGATTTCTCTCTTTTCTGAATCAATATTATTGACTATA > NC_000913/46707‑47183 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |