| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 46,652 | A→G | A282A (GCA→GCG) | yaaU → | putative transporter YaaU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 46,652 | 0 | A | G | 92.3% | 59.6 / ‑1.9 | 27 | A282A (GCA→GCG) | yaaU | putative transporter YaaU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (13/11); total (14/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
GCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATCAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCTGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGGGTTGGCAAAAACGCGGCACTAGGGAATGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTAATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTCTGGCGGGCCGGGTAATTTGCAGTGGCTCTATCCTA > NC_000913/46411‑46884 | gCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCCGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGaac > 1:121423/1‑250 (MQ=255) gCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCTGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAAGCGTTGGTTTGGTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGa < 1:128598/251‑1 (MQ=255) gCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATTAAGAGCAGCCGCAGCAATCCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCCGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCttt < 2:121423/251‑1 (MQ=255) cGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCTGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCttt > 1:97677/1‑250 (MQ=255) 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gCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGgtgtt > 1:274083/1‑250 (MQ=255) ttGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGATCCCGGATATGGGGGTCTGGCTGGGAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCttttttttt > 1:205337/1‑247 (MQ=255) tGGCCCGCAAAGCTTGGGGTTTTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGGGGTGATTATCCTTTTCTTTATGCTCGGCTGTAGTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACGGCCTGACGTCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCTATGATGACGGTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTctct < 2:178428/250‑1 (MQ=255) cccGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCAtgatga > 1:348282/1‑161 (MQ=255) cccGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATGCCGCCGATGCTGTGGTGAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCGTTGCCAggatga < 2:348282/161‑1 (MQ=255) cGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGGTCCCGGATATTGGGGTCTGGCTGGTAGTGGTGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTTTTGCggg > 1:18703/1‑251 (MQ=255) tgTTGGCAAATACGCGGCTCTGGGGCACGTGGTGATTAGCCTGTTCGTTATGCGCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTGCTCTGGCGGGCCGGGTAATTTGCAGTGGCTCTATCCt < 2:272165/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |