| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 46,634 | G→T | G276G (GGG→GGT) | yaaU → | putative transporter YaaU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 46,634 | 0 | G | T | 92.0% | 53.9 / ‑0.4 | 25 | G276G (GGG→GGT) | yaaU | putative transporter YaaU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (13/10); total (14/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.09e-01 | |||||||||||
GCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATCAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCTGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGGGTTGGCAAAAACGCGGCACTAGGGAATGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTAATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTCTGGCGGGCCGGGTAATTTGCAGTGGCTCTATCCTA > NC_000913/46411‑46884 | gCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCCGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGaac > 1:121423/1‑250 (MQ=255) gCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCTGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAAGCGTTGGTTTGGTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGa < 1:128598/251‑1 (MQ=255) gCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATTAAGAGCAGCCGCAGCAATCCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCCGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCttt < 2:121423/251‑1 (MQ=255) cGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCTGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCttt > 1:97677/1‑250 (MQ=255) 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gCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGgtgtt > 1:274083/1‑250 (MQ=255) ttGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGATCCCGGATATGGGGGTCTGGCTGGGAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCttttttttt > 1:205337/1‑247 (MQ=255) tGGCCCGCAAAGCTTGGGGTTTTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGGGGTGATTATCCTTTTCTTTATGCTCGGCTGTAGTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACGGCCTGACGTCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCTATGATGACGGTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTctct < 2:178428/250‑1 (MQ=255) cccGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCAtgatga > 1:348282/1‑161 (MQ=255) cccGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATGCCGCCGATGCTGTGGTGAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCGTTGCCAggatga < 2:348282/161‑1 (MQ=255) cGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGTGTTGGCAAAAACGCGGCGCTGGGGAACGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGGTCCCGGATATTGGGGTCTGGCTGGTAGTGGTGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTTTTGCggg > 1:18703/1‑251 (MQ=255) ggTTTGCAATAACGCGGGGCTGGGGAACGGGGTGATTTGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCTCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTGATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTCTTGCGGGCCGGGTAATTTGCAGTGGCTCTATCCTa < 2:274083/251‑1 (MQ=255) | GCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATCAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTTTAATCGCCGCCATTTTCCTTTTGTTCTGTTTGTTGCCGCCATCTGGACCTGCCAGGTGATCCCAATGTTCGCCATTTACACCTTTGGCCCGCAAATCGTTGGTTTGTTGGGATTGGGGGTTGGCAAAAACGCGGCACTAGGGAATGTGGTGATTAGCCTGTTCTTTATGCTCGGCTGTATTCCGCCGATGCTGTGGTTAAACACTGCCGGACGGCGTCCATTGTTGATTGGCAGCTTTGCCATGATGACGCTGGCGCTGGCGG‑TTTTGGGGCTAATCCCGGATATGGGGATCTGGCTGGTAGTGATGGCCTTTGCGGTGTATGCCTTTTTCTCTGGCGGGCCGGGTAATTTGCAGTGGCTCTATCCTA > NC_000913/46411‑46884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |