| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 46,277 | T→C | C157C (TGT→TGC) | yaaU → | putative transporter YaaU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 46,277 | 0 | T | C | 89.7% | 65.9 / ‑1.9 | 29 | C157C (TGT→TGC) | yaaU | putative transporter YaaU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (14/12); total (16/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-01 | |||||||||||
TAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATCAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTT > NC_000913/46040‑46516 | tAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGGTGCGGGGACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGAATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCg > 2:118537/1‑251 (MQ=255) gttggACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATAGCATCGCCATCGGCGGGATATAGGTGGCGTCGATGTGTGTTTCTTCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTCCTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCGCCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGTCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGAGCGACCCGCGCCTATCTGGTCGGCTa < 2:308133/248‑1 (MQ=255) cGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTAc < 1:287166/250‑1 (MQ=255) aaaaTGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGCTGCGGGAACTTATCGGCATTGTCCTCGGTGCCGATTATCCCCTCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACACGTCAGCGGGCGTTTTCCATCTGCTTTCTCGCCGCCATGTGGCATTTCGGCGCGTCCTGCGCCGATCTTGTCGGCTACTGGCTTTatgg > 1:380416/1‑250 (MQ=255) gATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTTCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTg > 1:141711/1‑251 (MQ=255) atcatcGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCCGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGgcg < 1:80728/251‑1 (MQ=255) catcGCCAGCGGCGTGATATCGGTGGCGGCGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTAGCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGTCCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCt < 1:369514/251‑1 (MQ=255) gCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCt > 1:330212/1‑241 (MQ=255) ggCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTggg < 1:323397/251‑1 (MQ=255) gggCGATGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGGTGGGGATGTGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCTATCGACACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGGCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATc < 1:140283/250‑1 (MQ=255) cgaTGTTTGTTTCATCCCCCGTTGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGAtgtg > 1:129005/1‑206 (MQ=255) gTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATACCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCg > 1:232288/1‑251 (MQ=255) gATGCGGGTACGTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCACCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTg < 1:28669/251‑1 (MQ=255) cGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGCTTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTACAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCCTGTGGTATGTCCGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTCCTGGCTTTCTGATGTGGCAGGCGGCTGGCGCCGGATGCTGGGTAGCCCGGCGATCCCCTGTTTGGTGACTTTGATTGGGCGCTTCGAACTGCCTGactc > 2:128598/1‑248 (MQ=255) gTACTTATCGGAATTGTCATCGGAGAAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGAGAGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGCATGTCGGCGCGGCCTACGCCGATCTGGTAAGCTACTGGCTTTATGATGTGAAAGGAGGCTGGCGCAGGATGCTGGGAGGCGCGGCCATCCACTGTCTGTTGTTTTTGATTGGTCGCTTCggcacgcctgagtctcc > 2:234108/1‑235 (MQ=255) gcgtgcttggcATCGGTGAAGATTATCCCACCCCCACCTCAATGAAAACCGAGTTCTTCAGTTTCCGTCAGCGGGGGTGTTCCATCATCTGTCTCGCCGACCTGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGACGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCTCTGGATGCTGTGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTCGTTGATTTTGATTGGTCGTTTCTAACTGCTTGAATCTCCCCGCTgg < 2:76209/241‑1 (MQ=255) gTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATACCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTAct > 1:220436/1‑250 (MQ=255) cGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAg < 1:259111/251‑1 (MQ=255) gcagtttctccaaTCGCCACCTCAATGAGCTCCGTGTTTTCCAGTTCCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGACAGGTGGTATGGCGGCTCGACTTGTGCTTATCTGGGCGGCTATTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTGGTTGATTTTTATTGGTCGAGTCGAACTGTCGGAATCTTCCCGCTTGTTAATACTCAAAGGGc < 2:380416/238‑1 (MQ=255) acacggtgttctctcgTACCCGTCAGCGGGAGTTTTCCTTCAGCTTTTTCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCTTCCTGCGACGATCTGTTCGGCTACTGGCGTTATGATGTGGAAGGCGGTTGGCTCTGGATGCTGGGTAGCGCGTCGATCCCCTGTTTTTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCGTCCCGGTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAgatggtgata < 2:369877/236‑2 (MQ=255) aGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGGGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCg > 1:4327/1‑250 (MQ=255) cGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGTTTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCttt > 1:333629/1‑251 (MQ=255) cGTTTTCCTTCAGCGTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGGCCTGCGCCGATCTGGTCTGCTTCTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATGGGGCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTg < 2:24183/227‑1 (MQ=255) cGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTgagatcggaagaggcccacgtctg > 1:24183/1‑227 (MQ=255) ttttCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGGTAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATg > 1:235743/1‑250 (MQ=255) ttCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGCATCTCCCCGCTGGTTATTAAGCAAAGGACGAGTACAAGAGTGCGAAGAGATGATGATACAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGa > 1:364379/1‑249 (MQ=255) actgtatcgCCGCAATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGAGCTGGGCGGCTACTGGCGTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCGTGTTTGTTGAGGTTGATTGGGCGATTCTAACTGCCTGAATCTCCTCGCTGGTTACGACGCAAATGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGGTGATGATAAAACGGTTTGGCGAGGGGGTGGCTTTCGATTAAGAGCAGCCg < 2:158213/243‑1 (MQ=255) atcgccgccATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCgcagc > 1:178428/4‑250 (MQ=255) ggCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGATTTAAGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGCTGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCGAAGGGCGCGTCAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAAATGTTTGGCGAACCGGTGTCTTTAGATGAAGAGCAGCCGCAGCAGACCCGTTTTCGAGATATGtt > 1:225811/1‑251 (MQ=255) | TAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCACCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATCAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGCAAACCCGTTTTCGCGATCTGTT > NC_000913/46040‑46516 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |