| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 46,253 | G→C | A149A (GCG→GCC) | yaaU → | putative transporter YaaU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 46,253 | 0 | G | C | 92.9% | 64.0 / 0.1 | 29 | A149A (GCG→GCC) | yaaU | putative transporter YaaU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (13/13); total (15/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.41e-01 | |||||||||||
CATCGCTGTTTGGTTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCA‑CCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATCAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGC > NC_000913/46015‑46494 | caTCGCTGTTTGGCTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGAAAACTGTTCCTCATTGATATCATAGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTAGTGATGAGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCAACCT‑AATGAGCACAGAGTTATACAGTAACCGTCAGCGGGCGTTTTTCATCAGCTTTATCGCCGACATGTGGTAttgc > 1:89289/1‑248 (MQ=255) tAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGGTGCGGGGACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCA‑CCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGAATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCg > 2:118537/1‑251 (MQ=255) gttggACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATAGCATCGCCATCGGCGGGATATAGGTGGCGTCGATGTGTGTTTCTTCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTCCTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCA‑CCTCAATGATCGCCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGTCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGAGCGACCCGCGCCTATCTGGTCGGCTa < 2:308133/248‑1 (MQ=255) cGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCA‑CCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTAc < 1:287166/250‑1 (MQ=255) 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cGGTGCAGATTATCCCATCGCCA‑CCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAg < 1:259111/251‑1 (MQ=255) gcagtttctccaaTCGCCA‑CCTCAATGAGCTCCGTGTTTTCCAGTTCCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATCGCCGACAGGTGGTATGGCGGCTCGACTTGTGCTTATCTGGGCGGCTATTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTGGTTGATTTTTATTGGTCGAGTCGAACTGTCGGAATCTTCCCGCTTGTTAATACTCAAAGGGc < 2:380416/238‑1 (MQ=255) acacggtgttctctcgTACCCGTCAGCGGGAGTTTTCCTTCAGCTTTTTCGCCGCCATGTGGTATGTCGGCGCTTCCTGCGACGATCTGTTCGGCTACTGGCGTTATGATGTGGAAGGCGGTTGGCTCTGGATGCTGGGTAGCGCGTCGATCCCCTGTTTTTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCGTCCCGGTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAgatggtgata < 2:369877/236‑2 (MQ=255) 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actgtatcgCCGCAATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGAGCTGGGCGGCTACTGGCGTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCGTGTTTGTTGAGGTTGATTGGGCGATTCTAACTGCCTGAATCTCCTCGCTGGTTACGACGCAAATGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGGTGATGATAAAACGGTTTGGCGAGGGGGTGGCTTTCGATTAAGAGCAGCCg < 2:158213/243‑1 (MQ=255) atcgccgccATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGCGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATAAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCgcagc > 1:178428/4‑250 (MQ=255) | CATCGCTGTTTGGTTATATTTCCGATAAAGTCGGACGGCGCAAAATGTTCCTCATTGATATCATCGCCATCGGCGTGATATCGGTGGCGACGATGTTTGTTTCATCCCCCGTCGAACTGTTGGTGATGCGGGTACTTATCGGCATTGTCATCGGTGCAGATTATCCCATCGCCA‑CCTCAATGATCACCGAGTTCTCCAGTACCCGTCAGCGGGCGTTTTCCATCAGCTTTATTGCCGCGATGTGGTATGTCGGCGCGACCTGTGCCGATCTGGTCGGCTACTGGCTTTATGATGTGGAAGGCGGCTGGCGCTGGATGCTGGGTAGCGCGGCGATCCCCTGTTTGTTGATTTTGATTGGTCGATTCGAACTGCCTGAATCTCCCCGCTGGTTATTACGCAAAGGGCGAGTAAAAGAGTGCGAAGAGATGATGATCAAACTGTTTGGCGAACCGGTGGCTTTCGATGAAGAGCAGCCGCAGC > NC_000913/46015‑46494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |