| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 18,477 | T→C | V330A (GTG→GCG) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 18,477 | 0 | T | C | 90.9% | 48.0 / ‑3.1 | 22 | V330A (GTG→GCG) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (4/16); total (4/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
GCGAAGCGACTGGAGCATGTGTTGCACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCAC‑TGCAAGGCGTCACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTG‑GCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGTGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGG‑TTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTG‑GGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTCGGCGG‑TAATTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCATCAGTTTGACAGGACGGTTTACCGGGGAGCCATAAACGGCTCCCTT > NC_000913/18230‑18692 | gcgaagcgaCTGGAGCATGTGTTACACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCAC‑TGCAAGGTGTCACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTG‑GCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTAtggcggt < 1:232294/251‑1 (MQ=255) 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GCGAAGCGACTGGAGCATGTGTTGCACCCGTGGGTGGCGTATCTGATTTTGCCGCTGTTTGCATTTGCTAATGCTGGCGTTTCAC‑TGCAAGGCGTCACGCTGGATGGCTTGACCTCCATTCTGCCATTGGGGATCATCGCTGGCTTGCTGATTGGCAAACCGCTGGGGATTAGTCTGTTCTGCTGGTTGGCGCTGCGTTTGAAACTG‑GCGCATCTGCCTGAGGGAACGACTTATCAGCAAATTATGGTGGTGGGGATCCTGTGCGGTATCGG‑TTTTACTATGTCTATCTTTATTGCCAGCCTGGCCTTTGGTAGCGTAGATCCAGAACTGATTAACTG‑GGCGAAACTCGGTATCCTGGTCGGTTCTATCTCTTCGGCGG‑TAATTGGATACAGCTGGTTACGCGTTCGTTTGCGTCCATCAGTTTGACAGGACGGTTTACCGGGGAGCCATAAACGGCTCCCTT > NC_000913/18230‑18692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |