| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,908 | A→G | V140V (GTA→GTG) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,908 | 0 | A | G | 87.9% | 76.8 / 1.7 | 34 | V140V (GTA→GTG) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base G (18/11); total (19/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
ACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGCACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTTGTTGGCGTGGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATC > NC_000913/17682‑18153 | aCGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGtt < 1:273033/251‑1 (MQ=255) gATGGCGGAATTTTTCCTGTTAGTCGGACTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTCTTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACAATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGGGCTCCCGGCGGCTACTGACATGGCCTTTGCACTTGGTGTGTTGGCGCTGTTGGGAAGTCGGGTTCCGtt > 1:69290/1‑249 (MQ=255) gTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTCAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCCTTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGa > 1:125816/1‑250 (MQ=255) gTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGACCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGGTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGa < 1:286020/251‑1 (MQ=255) aGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGTAGCCGTGTTGCGTTATCGCTGAAGATCTTTTTGATgg > 2:258969/1‑251 (MQ=255) aGTTAAACTGGAACCGAGGCAAGTAGCGCTAGCCAGCGTGCGCCAGGCCGCATTGCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGAGTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTAGGCCGAACCGATTACCCGCGAAGGTTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGTACGTCGTGTTCCGTGAGCGCGGAAGATCATTTTGATGGCTCTGGCtagta < 2:125816/251‑4 (MQ=255) gaccttaTGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACTTGTGGTCGCATTTCCAGTTATCGCCGCCATTGGTGGGCTTATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCCTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCTGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTTGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCTGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATc < 2:86017/244‑1 (MQ=255) 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taccttATCTGGCTTTTAACTCTGCAGATCCGATTACCCGCGTAGGGTTGGCGATCCCGGCGGCTACTGTCATTGCTGTTGCTCTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTTGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTTATGGCTCTGTCTCTTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTCTCATCGCATTGTTCTACCCTAATGCCGTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGt < 2:255254/245‑1 (MQ=255) aCTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTAc > 1:239124/1‑251 (MQ=255) tctATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTc > 1:311070/1‑251 (MQ=255) acgcttgccgttctgattcaccGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTTCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCt < 2:172678/231‑1 (MQ=255) aaCTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCt > 1:33474/1‑251 (MQ=255) cTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGATACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATATTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGACATCATTCTCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGTCGTCGCGGCTGTCGCAAATGCGGTACTCGCGGTTTTGACTCtgg > 2:337376/1‑250 (MQ=255) 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cggcggCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGt < 1:330551/235‑1 (MQ=255) gggcTACTGTCATTTCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTATCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCgta < 1:207576/250‑2 (MQ=255) cTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTAcg < 1:346079/217‑1 (MQ=255) aCATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTgg > 1:268768/1‑251 (MQ=255) ctttGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGACTGCgg > 1:252939/2‑251 (MQ=255) ggTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGTACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTGGTTGGCGTAGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATc < 1:231511/251‑1 (MQ=255) | ACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACTCGCGGTATTGAATCTGTGTGGTGCACGCCGCACGGGCGTCTATATTCTTGTTGGCGTGGTGTTGTGGACTGCGGTGTTGAAATC > NC_000913/17682‑18153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |