| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,809 | G→T | V107V (GTG→GTT) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,809 | 0 | G | T | 84.0% | 49.5 / ‑1.6 | 25 | V107V (GTG→GTT) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base T (13/8); total (15/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
TGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTG > NC_000913/17565‑18053 | tgatTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGcc > 1:255254/1‑250 (MQ=255)ggatTATGGCCAATAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCa < 1:365464/250‑1 (MQ=255) gATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGccgat < 1:176083/251‑1 (MQ=255) gTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGccgatccg > 1:86017/1‑250 (MQ=255) aCTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAAATGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGcct > 1:247827/1‑249 (MQ=255) tCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGAATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAAATGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTAACCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTgacttt > 1:223693/1‑246 (MQ=255) aCGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGtt < 1:273033/251‑1 (MQ=255) gATGGCGGAATTTTTCCTGTTAGTCGGACTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTCTTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACAATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGGGCTCCCGGCGGCTACTGACATGGCCTTTGCACTTGGTGTGTTGGCGCTGTTGGGAAGTCGGGTTCCGtt > 1:69290/1‑249 (MQ=255) gTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTCAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCCTTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGa > 1:125816/1‑250 (MQ=255) gTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGACCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGGTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGa < 1:286020/251‑1 (MQ=255) aGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGTAGCCGTGTTGCGTTATCGCTGAAGATCTTTTTGATgg > 2:258969/1‑251 (MQ=255) aGTTAAACTGGAACCGAGGCAAGTAGCGCTAGCCAGCGTGCGCCAGGCCGCATTGCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGAGTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTAGGCCGAACCGATTACCCGCGAAGGTTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGTACGTCGTGTTCCGTGAGCGCGGAAGATCATTTTGATGGCTCTGGCtagta < 2:125816/251‑4 (MQ=255) gaccttaTGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACTTGTGGTCGCATTTCCAGTTATCGCCGCCATTGGTGGGCTTATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCCTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCTGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTTGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCTGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATc < 2:86017/244‑1 (MQ=255) aTGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGc < 1:30785/251‑1 (MQ=255) gCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCCGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGGTAGCGCTGAAGATCTTTTTGCTGGCTCTGGCTATTATCGGCGATCTTGGGGcac > 2:67205/1‑249 (MQ=255) aaGGATCGCTAGCCAGCTTACGCGAGGCCGCATTTCCAGATATCGCCGCTGTTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGAGTTGGCGATCCCGGCAGCTCCTGACATTGCCTTTGAACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCCATGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTGTTATCGACGATCTTGGGGccgtc > 1:139831/1‑248 (MQ=255) ggATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGTCGATCTTGAGGCcatcat > 1:52636/1‑251 (MQ=255) gCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGCGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGATACTGCCATTGCCTTTGCACTTGGAGTGCGGGCGCGGTTTGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAGGATCTTTTTTATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTatc > 2:203872/1‑250 (MQ=255) gCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTATTCTACACTa > 1:17402/1‑250 (MQ=255) cAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCg < 1:67205/251‑1 (MQ=255) tATCGCCGCTATTGGTGGGACGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATg < 1:108404/250‑1 (MQ=255) aTCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATgg < 1:313442/250‑1 (MQ=255) aTTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGAGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGATGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATAATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTgg > 1:343046/1‑251 (MQ=255) tggtggGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCATTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTCTTATCGTAGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTATCTTGGCg > 1:44450/1‑251 (MQ=255) gatTGTTCCGGAATTAATCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGCTTACCAGCGCAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGAAGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACAATAATGACTTATCGATGTCCTCTCTTGGCGTCGCGGCtt > 2:231511/1‑250 (MQ=255) | TGATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTG > NC_000913/17565‑18053 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |