| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,350 | G→T | intergenic (+340/‑139) | sokC → / → nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,350 | 0 | G | T | 93.3% | 32.4 / ‑3.1 | 15 | intergenic (+340/‑139) | sokC/nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (11/3); total (12/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
TAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAA‑CGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATGGCCAACAGCGGC > NC_000913/17148‑17584 | tAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAAc < 1:175364/250‑1 (MQ=255)tAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGATCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAACTTCTTCAATGGCTCGTAAAAAACg > 1:368180/1‑251 (MQ=255) tAACTTTAATTTCTCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTc > 1:290854/1‑251 (MQ=255) ggATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTaaa < 1:171278/251‑1 (MQ=255) actaacaaataacGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCAACTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCTTGAGCGCTTACAGCCGTCAACAAA‑CTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGAATTGAGCGGGTTAAAGTAGTAAATACGATCTATTcc > 2:273033/13‑250 (MQ=255) acaaataacGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTg > 1:327374/9‑251 (MQ=255) taacGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGaa > 1:311219/4‑248 (MQ=255) cTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGAtt > 1:220286/1‑251 (MQ=255) ttaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAA‑CGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTaaaa > 1:133243/1‑125 (MQ=255) ttaatCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTACGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCTTCAA‑AAA‑CTCATCTCACCGCTGATGTCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTaaaa < 2:133243/125‑1 (MQ=255) tCCTCAACTTAAGCTATGATTATATGGAATTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCAGTCAACAAA‑CTAATCACACCGCTGATGGCGCAAATTATACAATGGATAGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAACCGATCCATTCTCCTGAATGCGAAATAAACAGTGAAACATCTTCATCGCTTCTCTAGCAGttttgcctagagaggc > 2:176083/1‑236 (MQ=255) aaGCTATGATTATCTGGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCtt > 1:66984/1‑250 (MQ=255) gCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATATGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTg > 1:35340/1‑251 (MQ=255) tCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATg > 1:204276/1‑251 (MQ=255) aCAGCCGTGAA‑AAAACTCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCCATGGATCGTAAAAAACGAGTTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTTGTGAGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGCAATAAAAAGAGAAACATATGCATCGATTCTTTAGAAGTGATGCCTCGGGCGGCATTATTCTATTCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATGGCCaatcagggc > 2:192929/1‑244 (MQ=255) | TAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACTCGTGAGCGCTTACAGCCGTCAA‑AAA‑CGCATCTCACCGCTGATGGCGCAAATTCTTCAATAGCTCGTAAAAAACGAATTATTCCTACACTATAATCTGATTTTAACGATGATTCGTGCGGGGTAAAATAGTAAAAACGATCTATTCACCTGAAAGAGAAATAAAAAGTGAAACATCTGCATCGATTCTTTAGCAGTGATGCCTCGGGAGGCATTATTCTTATCATTGCCGCTATCCTGGCGATGATTATGGCCAACAGCGGC > NC_000913/17148‑17584 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |