| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,085 | T→C | intergenic (+75/‑404) | sokC → / → nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,085 | 0 | T | C | 87.5% | 12.8 / ‑3.4 | 9 | intergenic (+75/‑404) | sokC/nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (4/3); total (6/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.09e-01 | |||||||||||
CAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATG‑CTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTG‑ACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGA‑TGGTAAAATATCACTC‑GGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTC‑AGCTAATGCC‑TGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACT > NC_000913/16835‑17323 | cAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATAAAGATGACGATCCGGGCGACAAACATTGCCTTTTG‑CTGCTTCATTGCCCTATTCTCCTTG‑ACCTTACGGTCCGTAAAAGGCCCTCTACATGTGGTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGGTGA‑TAGTAAAATATCACTC‑GGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTC‑AGCTAATTAC‑TGGGACAGATAGCCTCAAGCACCCCCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCAttt > 1:383673/1‑251 (MQ=255) gcgggtaacgaattGACGATCAGGGCGAAATTCTTC‑CCTTTTGGTTGCTTCATTGCTCTCTT‑TCCTTGCACCTTGCGGTCAGAAAGATGCTCTCTCCATGTGTAAGGCATATGGGGGGCCT‑GGGTTGAATAGAAAAATACCCCTC‑GGGGTTTTTCTTAAGCTGC‑GTTCCAGTTAAGGCC‑TGAGACAAAAACCCACAACCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTa < 1:234487/238‑1 (MQ=255) cGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATG‑CTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTG‑ACCTTACGGACAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGA‑TAGTAAAATATCACTC‑GGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTC‑AGCTAATGCC‑TGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTCTTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAgccgactc > 1:53027/1‑244 (MQ=255) cAATCATCGCCTTATG‑CTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTG‑ACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGA‑TAGTAAAATATCACTC‑GGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTC‑AGCTAATGCC‑TGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTATTCCTGACGAAGCCTCGCATTTTTGTgg > 2:178962/1‑251 (MQ=255) ttaagcagctTCATTGCTCTCTACGCATTG‑AACTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGAGGTCAGCATATAGGGGGCCTCGGTTTGA‑TAGTAAAATATCACTC‑GGGGCTTTTCTCGCTCTGACGTTC‑GGCTAATGAC‑TAATGCAGATAGCATCAAGCACCAGACGCAATTATATCGCTCACGTTAACACATTGTGTTTTATAGATTCTAATCATGAAGACACCCAGCATTTTCGTGGCATAAtatttt > 2:314108/8‑251 (MQ=255) cAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGA‑TGGTAAAATATCACTC‑GGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTC‑AGCTAATGCC‑TGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCa > 2:182476/1‑222 (MQ=255) ggccctcggtttaataatAAAATA‑CACTCCGGGGTTTTCCTCTATCTCCCGTTC‑AGCTA‑TGCCCTGACACAAACACCCCCAACCCCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAatat < 1:82568/234‑1 (MQ=255) gCCGTTC‑AGCTAATGCC‑TGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGa > 1:233265/1‑199 (MQ=255) aaatacccTCAGGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATcc < 1:178962/245‑1 (MQ=255) ctTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGAGGCGTAATTTTTTACTGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAACTAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGATTAGTGTCACt > 1:165755/1‑251 (MQ=255) | CAGCGCCGCCACTACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATG‑CTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTG‑ACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGA‑TGGTAAAATATCACTC‑GGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTC‑AGCTAATGCC‑TGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTTAGGGTCACT > NC_000913/16835‑17323 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |