| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 11,439 | C→G | S116S (TCG→TCC) | yaaI ← | DUF2541 domain‑containing protein YaaI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 11,439 | 0 | C | G | 91.9% | 101.5 / 0.8 | 37 | S116S (TCG→TCC) | yaaI | DUF2541 domain‑containing protein YaaI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base G (18/16); total (19/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.81e-01 | |||||||||||
GTTCGTTGCGCATCAGTACGCTGGAGAGGCGAGTTTTGCCTTTTTCATTATGGGTGAGCAATCGGGCGAAATTTGCCAACTGTTCCTCACTACAATGCTGAAGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGCTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCCGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCGCTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGGCTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCAGCGCCAGATCGTTGGTTTCGTTACGC > NC_000913/11215‑11682 | gTTCGTTGCGTATCAGTACGCTGGAGAGGCGAGTTTTGCCTTTTTCATTATGGGTGAGCAATCGGGCTAAATTTGCCAACTGTTCCTCACTACAATGCTGAAGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCg < 1:100202/251‑1 (MQ=255) 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tCCGATGAGTTCACCGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTcaca > 1:36318/1‑219 (MQ=255) ccGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCAGCGCCAGACCGTTGGGTTCGtt > 2:350478/1‑250 (MQ=255) tATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCAGCGCCAGATCGTTGGTTTCGTTAcgc > 1:338133/1‑251 (MQ=255) | GTTCGTTGCGCATCAGTACGCTGGAGAGGCGAGTTTTGCCTTTTTCATTATGGGTGAGCAATCGGGCGAAATTTGCCAACTGTTCCTCACTACAATGCTGAAGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGCTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCCGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCGCTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGGCTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCAGCGCCAGATCGTTGGTTTCGTTACGC > NC_000913/11215‑11682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |