| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 11,366 | C→T | intergenic (‑10/+16) | yaaW ← / ← yaaI | putative enzyme‑specific chaperone YaaW/DUF2541 domain‑containing protein YaaI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 11,366 | 0 | C | T | 88.9% | 57.3 / 1.5 | 27 | intergenic (‑10/+16) | yaaW/yaaI | putative enzyme‑specific chaperone YaaW/DUF2541 domain‑containing protein YaaI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base T (12/12); total (13/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
GCCACCAAAATGCTGTAATTCTCCGGCAATCAGCTGCCAGTTGCGGCGATGTTGCTCGGGATGCCCTTCCATCGATTTAAACAGTTCGTTGCGCATCAGTACGCTGGAGAGGCGAGTTTTGCCTTTTTCATTATGGGTGAGCAATCGGGCGAAATTTGCCAACTGTTCCTCACTACAATGCTGAAGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGCTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCCGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCGCTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGGCTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGC > NC_000913/11132‑11612 | gCCACCAAAATGCTGTAATTCTCCAGCAATCAGCTGCCAGTTGCGGCGATGTTGCTCGGGATGCCCTTCCATCGATTTAAACAGTTCGTTGCGTATCAGTACGCTGGAGAGGCGAGTTTTGCCTTTTTCATTATGGGTGAGCACTCGGGCGAAATTTGCCAACTGTTCCTCACTACAATGCTGACGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGACATTAACATTACTTTTTTGGGGTTTCTATCTTCTGGCGt > 1:236353/1‑251 (MQ=255) 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2:218748/1‑241 (MQ=255) aaTCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTAATTTTTTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGa > 1:315891/1‑250 (MQ=255) tCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACCTTCATTTTTTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGACTATTCAGACTCTGCCTGGCGCTACTGGCGGCTTTGAAAt > 1:265904/1‑251 (MQ=255) tGAATCATTCAGGTAAGTAACATTCATTTTTTATGGTTGCTATATTCTGGCTTTCGGCGTCTCTGATAATTTCCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCTCTGTATGACCGTAAAAGGTGATTTTTGAGACGTAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGAAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGTGCGGCTTTTAAATAAACCGa < 2:75118/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |