| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,176,602 | 0 | C | T | 79.4% | 48.4 / 11.3 | 35 | P392P (CCC→CCT) | lolC | lipoprotein release complex ‑ inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base T (14/13); total (19/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCATGATGGTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGT > NC_000913/1176355‑1176847 | tcatgagtgacTTTATGGTGCAAGAAGCCAGAGCCGCGATTATCGGTGCGATCCTAGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAACTAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCCTTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCAGCTGTCTAAGCTTTACCCATCATGGCGCGATGCCGCCAATCAACCTGCt > 2:216834/11‑251 (MQ=255) gatgatCTTTATGATGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGAGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGATGCTGTCTAGGCTTTACCCTTCTTGGCGCGCTGCCGCCACTCCACctgctgggg > 2:180024/1‑248 (MQ=255) ttATGGAGAAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGGTCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCCGTTACATAATCTGATGCCGATAATAGGCGTCC‑TGCGTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCCATCGAACCTTTCCAGGTCATTGGTATTGCGCTGGAGGCGATGCCTATCGAGCTGCTGTCTACGATTTACCCTTCATGGGCCGCCGCCGCAACGCTACCTGCTGAGGGttttcct > 2:33139/1‑247 (MQ=255) ggTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTAt < 1:266650/250‑1 (MQ=255) ggTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATg > 1:231385/1‑251 (MQ=255) ggggCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGCTAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGAGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATa > 2:107055/1‑248 (MQ=255) atgcgcCGTGATTATCTGTTCTATACTCGGATCGGCTCTGTGCGCCCGGCTTGCACA‑CCAGTTAAAGTATCTGCTGCCGATAAACGGCGGCC‑GTCTTGTTGGCTCGGCGTGGCCGTTGGCTAGCGAACCTTTACAGGTTATTGTTATGGCGCTGGGGGCGATGGCTATCGAGCTGCTGTCTACGGTTGTTCCTTAATGGCGAGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCt < 2:29536/248‑1 (MQ=255) cgcCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCTGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCATGTTg < 1:313747/251‑1 (MQ=255) gggATTATCGGGGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAAt < 1:193466/251‑1 (MQ=255) ggATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATg > 1:40709/1‑251 (MQ=255) gctaTCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTGGCAATGCGACAACCtgt < 1:107055/248‑1 (MQ=255) gcgcTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAgg > 1:130083/1‑251 (MQ=255) gcTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCCTTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACCACCTGTGCAAACGCTATCAggc > 1:51305/1‑249 (MQ=255) gcTTGGCACCCTGCTTGC‑CAGCCAGTAAAATAATCAGATGCCAATAATCGGCGTAC‑TGATTGATAGAGCGGCGCTACCGGTGGCTATCGAACCTTTACCGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCCGCCGCCACTCACCCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGACGATATGCGACAACCTGTGCACACGCTATCAGGa > 2:31340/1‑250 (MQ=255) cctggtggc‑cagccaGTAAAATAATCTGATGCCTATAATCGGCGTCC‑TGTTTGATGGCGCGGCGGTGCCGGTGGCTATTGAACCTTTCCAGTTCATTGTTATGGCGTGGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTTTACGCTTTACCTTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAAGAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGtgtg < 2:122426/244‑1 (MQ=255) agtcaataaatCTGAGGCAGATAATCGGCGTCCGTG‑GTGATGGGGCGGCGCGGCCGGTGGCTAGCGAACCTTTTCTGTTCATTGTTATTGCGTGGGTGGCGAGGTCTATCGCGTGGCTGTTTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCGTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGAtgtg < 2:51305/241‑1 (MQ=255) gATGCCGATAATCGGCGTAC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATAGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCAAGGCGCGCGGCCGCCACTCAACAAGCTGAGGATTTAAGTTATGACTACGATCCTGTTGCAATGCGACACTCTGTGCAAACTCTATAGGGCAGGCAACGTGCAAACCGATTGGCTGCCCAATggatgt > 2:337728/1‑246 (MQ=255) aTGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATAGCGCTGCTGTCTACGCTTTACACTTCATGGCGCGCGGCCGCCACTCAACCTGCTGAGACTTTAAGTTATGAATAAGATCCTGATGCAATACGACAACCAGTGCAAACGCTATCGGGAGGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAggt > 1:29236/1‑249 (MQ=255) cGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACATTGTCAGTTTCAGCGTCggg > 1:198161/1‑250 (MQ=255) cGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATAGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCAACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGGAAACCTGTGCAAACGCTATAAGGAAGGAAGCGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAATTGATAGCGATAGTCGGt > 1:380617/1‑249 (MQ=255) tGGCTATCGAACCTTTACCGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAACTGATGGCGATCGTCGGTAGctc > 1:102428/1‑251 (MQ=255) ggtttacGAACCTTTACTGGTGGTTTTTTTTGCGTTGGTGGCGTTGGCCACCGCGCTGCTGGCTCAGTTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCTCAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTAGGTAGctct < 2:244703/245‑1 (MQ=255) gTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTTTACGCTTTCCCCTTCATGGCGCGCCGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGGGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTt‑gctg < 1:31340/250‑1 (MQ=255) tATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCAc > 1:65908/1‑251 (MQ=255) cTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTgg > 1:150970/1‑251 (MQ=255) ggtggCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTgggc > 1:152264/1‑251 (MQ=255) ggggtGGCTATCGCGATGCTGTCTATGTTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCATCCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAACCCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCGGCTgggcgggc < 2:358375/247‑1 (MQ=255) ttatagagctgctGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGACGCCACTCCACCTGCTGAGGCTTCACGTTATGAATAAGATACTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCCGGAAGGCAGTGTGAACACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTATCAGCGTCGGCGGAGGCGACATGATGTCGGTCGTCGGTAACTCTGTTTCAGGCAAAAGTACATTCGC‑GCAACTGCTGGGCGGGCTGGATAc > 2:341509/8‑251 (MQ=255) aCGCTTTTCCCTTCAGGCCGCGCGGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGAt < 2:150970/250‑1 (MQ=255) tttACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGAt > 1:345682/1‑251 (MQ=255) ccctttcttGGCGCGTTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTTGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGTCGATGTGAttt < 2:352377/242‑1 (MQ=255) tcttGGCGCGTTGCAGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACTTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAATCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGTCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCTGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTaa < 1:208401/246‑1 (MQ=255) cttccgccACTCAACCTGCTGAGGCTGTACGTGATGAATAAGATTCTGTTGCAAGGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCa < 2:130083/246‑1 (MQ=255) gccgccACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGa < 1:33493/251‑1 (MQ=255) cACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATAATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATAAGCCAACCTCAGGCGATGGGCTTTTTAATGGTAAGCCAATGAGCaa > 2:189991/1‑250 (MQ=255) cAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTgt < 1:135082/251‑1 (MQ=255) | TCATGATGGTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGC‑CAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCC‑TGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTT‑GCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGT > NC_000913/1176355‑1176847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |