| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,773,173 | Δ1 bp | coding (893/1914 nt) | mtlA → | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,773,173 | 0 | G | . | 83.3% | 102.2 / 17.6 | 36 | coding (893/1914 nt) | mtlA | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base . (15/15); total (18/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGAC‑TGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGT > NC_000913/3772941‑3773414 | ccaggtccaggtATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGAC‑TGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGCTGTACTg > 1:252081/1‑251 (MQ=255) ggtccaggtATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGAC‑TGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGCTGTACTGGCg < 1:71223/251‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCTGGCGTACATGTACTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGAC‑TGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCaaaa < 1:27060/251‑1 (MQ=255) tgGCGTACATGTTATTTGGTCGAGGTAGCGCTAAACCGTCTGCGGGCGGTGCGGCACTCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGACTGATCCTCGCAGTCCTCCTCGGCGGTATGACGTGG‑GAGTTCACGATGACTATCGTGGGCGGTGGGCTGGTGTTTGCGGCAT‑TACCGGTACTATCCTTGATTTACAGACGAGGACACCaaagagtggctaac > 2:364885/1‑240 (MQ=255) 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aCTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGAC‑TGGCGTGTTAACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGCTGTACTGGCGCTGACAACAAAAGGAGCTTACTTCGCTAACAACGCGGTTGTGTGTGCGGCGCTGGCGGTCTCCTTCCTTGTCTCTGCTCTTTTGCTGAAAACCAGCCAAGTGAaagaaga > 2:347283/1‑249 (MQ=255) cTTCCCGTATGTGCTGAAGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGAC‑TGGCGTGTTCACGATGCCTATCATGGGCGGTCGGCTGGGTTCTCCGGCCTC‑CCCGGTTTTATTCTTGATGGTCTTGCGAGGACCACACACGGTGATTCATTCGCTAGCATCGCGGGTGGGTGTGCGGCGATGGCTGTATCCTTTGTTTTCTCTGCTATTTTGCTGCCAACCAGCAAAGAGAaagacgc > 2:154367/1‑245 (MQ=255) ttCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGAC‑TGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAaagaaga > 1:174912/1‑247 (MQ=255) 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cATCTCCGG‑TTTTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTGCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTcc < 1:337414/94‑1 (MQ=255) | CCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGAC‑TGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGT > NC_000913/3772941‑3773414 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |