| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,729,440 | 2 bp→TT | noncoding (105‑106/160 nt) | xylZ ← | small RNA XylZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,729,440 | 0 | C | T | 98.1% | 168.6 / NA | 53 | noncoding (106/160 nt) | xylZ | small RNA XylZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (28/24); minor base A (1/0); total (29/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 3,729,441 | 0 | C | T | 100.0% | 168.8 / NA | 53 | noncoding (105/160 nt) | xylZ | small RNA XylZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (29/24); total (29/24) | |||||||||||
TTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCC‑TGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTGACATTTGGCCTTTCAGGATTTGCTGGCCCAATTCGCTATTCCAGCCGGAATAACGCTGCGCGATGCGTTTATCCAGCTCGCCATCTTCAATCATGCGCGCTGCAATTTTCAGCGCCAGTGCCATCGT > NC_000913/3729202‑3729682 || ttCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTc < 1:347015/250‑1 (MQ=255) tCATGGCGCGATCAGTTGCCGGCCACCACTTGTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACTCCCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGAGAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCg < 2:350398/250‑1 (MQ=255) gcgcGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGGCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGa < 2:145394/251‑1 (MQ=255) cAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGt < 1:390507/251‑1 (MQ=255) tgccggccACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGAGCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGTTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTa < 2:441843/250‑1 (MQ=255) accacTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGAtttt > 1:47223/1‑251 (MQ=255) actttgccGGGTCTTGTCCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGGGAAACGGTCAGCTTTTCCGTGTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTGTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCa < 2:94774/245‑1 (MQ=255) tCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCAGGCGCGAAACAGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAgttgt > 1:124330/1‑251 (MQ=255) ccGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAgttgtt < 1:44153/251‑1 (MQ=255) ggTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTAttt < 2:410583/210‑1 (MQ=255) 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ggcAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCAGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCGTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGTGTCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTGTACCAGATTTTCCAGTTGTTCC‑TGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTcc < 2:201147/249‑1 (MQ=255) ggcAGCTTTTCCGGTTGAGCTGCAACCACCCCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTGACGCCCGAGGTGCCAAGATCTACCCCGATATACATATCGAGCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGT‑GTTCCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTcc < 2:176672/249‑1 (MQ=255) gTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGTTGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCC‑TGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTcc > 1:9227/1‑251 (MQ=255) 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TTCATTGCGCGATCAGTTGCCTGCCACCACTGTTCCGGGTCTTGTTCCGACCAGAGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCCGGTATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGAC‑TGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCC‑TGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTGACATTTGGCCTTTCAGGATTTGCTGGCCCAATTCGCTATTCCAGCCGGAATAACGCTGCGCGATGCGTTTATCCAGCTCGCCATCTTCAATCATGCGCGCTGCAATTTTCAGCGCCAGTGCCATCGT > NC_000913/3729202‑3729682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |