| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,639,284 | A→G | Q369Q (CAA→CAG) | creD → | putative inner membrane protein CreD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,639,284 | 0 | A | G | 92.5% | 112.6 / 0.3 | 40 | Q369Q (CAA→CAG) | creD | putative inner membrane protein CreD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base G (15/22); total (17/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
AATTAACTGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATACCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGATAATGAACGGTATTTATTTGCAAGCGGTATTGAAAGGTTGGTGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTG‑ATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACCCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGAAAGCCAGTAAAGAAGTTACAACGGACGATGAGTTACGTATCTGGAAA > NC_000913/4639046‑4639527 | aaTTAACGGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGaaa < 1:276645/251‑1 (MQ=255) aTTAACGGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAg < 1:125983/251‑1 (MQ=255) aTTAACGGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGAATTgga > 1:13888/1‑247 (MQ=255) ggACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCGCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGGCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTggc < 1:40254/250‑2 (MQ=255) 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2:286883/205‑1 (MQ=255) ttCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCa > 2:151693/1‑107 (MQ=255) ttCTGAACATATCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCa < 1:151693/107‑1 (MQ=255) gCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTTTTGCTGGGTGGTGTG‑Atg > 2:273212/1‑123 (MQ=255) gCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTG‑Atg < 1:273212/123‑1 (MQ=255) gCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGTTAATGAACGGTATTTATTTGCAGGCGGTATTGAAAGGCTGGCGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGAATGGTGTG‑ATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACTCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGaa < 1:271717/251‑1 (MQ=255) 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AATTAACTGACCGGGCGACTAAGTACGCCATTCTGCTGATTGCACTGACTTTTATGGCGTTCTTTGTTTTTGAAACGCTCACCGCGCAACGTTTACACCCAATGCAATATTTGCTGGTGGGGCTTTCATTGGTGATGTTTTATTTGCTCTTGCTGGCGCTTTCTGAACATACCGGTTTTACCGTGGCATGGATAATCGCCAGTCTGATTGGGGCGATAATGAACGGTATTTATTTGCAAGCGGTATTGAAAGGTTGGTGCAACAGCATGTTGTTTACCCTCGCGCTGTTGTTGCTGGATGGTGTG‑ATGTGGGGACTGCTCAACTCTGCCGATAGCGCGCTGTTGTTGGGAACCAGTGTGCTGGTGGTGGCGCTGGCCGGCATGATGTTTGTGACCCGTAATATCGACTGGTATGCGTTTTCACTGCCGAAAATGAAAGCCAGTAAAGAAGTTACAACGGACGATGAGTTACGTATCTGGAAA > NC_000913/4639046‑4639527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |