| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,625,044 | A→G | Q50Q (CAA→CAG) | serB → | phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,625,044 | 0 | A | G | 96.1% | 152.3 / ‑2.5 | 52 | Q50Q (CAA→CAG) | serB | phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (25/24); total (26/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.27e-01 | |||||||||||
GAGACTTAATGTTGCCAGAAGCAATGGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGAAGCGCAGCTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGATATGGACTCCACCGCCATCCAGATTGAATGTATTGATGAA > NC_000913/4624810‑4625281 | gaggcTTAATGGTGCCAGAAGGAATCGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTATCCCTGCTTCGAACGATTTTTCAGGAGCCTTAATGCCTAACATTTCCTGGTGCGACCTGCCTGAGGATGTCTCTTTATGGCCGGGGCTGCCTCTTTCAGTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACCGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATAc < 2:3854/246‑1 (MQ=255) tAATGTTGCCAGAAGCAATGGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGACCGATTTTACAGAAGCCTTAATGCCTAACATAACCTGGTGCGCCCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGCCTGCCTCTTTCATTAAGGGTTGATGAAGGGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCGGGATAAAAAGCGTTGGACCAAAAACCAGAGc > 1:345610/1‑250 (MQ=255) cAGAAGCAATGGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTg < 1:68209/251‑1 (MQ=255) aGCAATGGATACAAGGTAGCCTCATGCGTTATTTTCCCTGCTTCGAACGATTTTACAGGAGCCTTAATGCCTAACATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCCGTATGGTCGGGGGCAGGATAAACAGCGGCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGggcggc > 2:15049/1‑251 (MQ=255) 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aCATTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGGTTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACgg > 1:380620/1‑251 (MQ=255) aTTACCTGGTGCGACCTGCCTGAAGATGTCTCTTTATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGTCGTGGGATGGATAAACAGCGTCTGAACCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCTGGTTCACTCAACGCACGGGc > 1:354239/1‑251 (MQ=255) aCCTGGTGCGTCCTACCTGAAGATGTCTCTATATGGCCGGGTCTGCCTCTTTCATTAAGTGGTGATGAAGTGATGCCACTGGATTACCACGCAGGTCGTAGCGGCTGGCTGCTGTATGGCCGTGGGCTGGAACACCAGCGTATGACCCAATACCAGAGACAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGCGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTTGTCTGGcgagttaacctcaagcccggtcgcc > 2:468337/1‑227 (MQ=255) 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ggTCGTGGGCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACCGCCATCCAGATTGAATGTAt > 1:352433/1‑251 (MQ=255) gTCGTTGGCTTGATAAGCATCGTCTGACACAATACTATAGCATACTGGGTGCGGCTATGGTGATTGTTGCCGCTTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTCCACGCACCGCACGGGCTACGTGCCTGGCCCACGAAGCGCAACTGTGTGTCGCCCCGCTGGGGAAAAGCTCGCACCTACGCACGCCGTGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACCGCCATCCAGATTGAATGTAtt < 2:7914/251‑1 (MQ=255) gggCTGGATAAACAGCGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACGCGCCTGGCCCATGAAGCGCAACTGGATGTCGCCCCGCTGGGGAAAATCCCGCACCTGCGCACGCCGGGTTTGCTGGTGATGGACATGGATTCCACCGCCATCCAGAATGAATGTATtgatga < 1:374444/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |