| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,624,262 | A→G | G176G (GGT→GGC) | ytjB ← | putative inner membrane protein Smp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,624,262 | 0 | A | G | 96.3% | 149.1 / ‑3.6 | 55 | G176G (GGT→GGC) | ytjB | putative inner membrane protein Smp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (22/30); total (24/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
GGCGGGCATTTGGCGAAAAATACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTG‑GACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTC‑AGCACTACA‑CCGATTGCCAGTGAGAGCA‑GCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTAT‑CCACCT‑GTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCTT > NC_000913/4624028‑4624503 | ggCGGGCATCTGGCGAAAAATACACTCCTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTG‑GACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTC‑AGCACTACG‑CCGATTGCCAGTgaaa < 1:199888/251‑3 (MQ=255) cGGGCATCTGGCGAAAAATACACTCCTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTG‑GACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTC‑AGCACTACG‑CCGATTGCCAGTGAAagc > 1:132392/1‑251 (MQ=255) catctGGCGAAAAATACACTCCTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTG‑GACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTC‑AGCACTACG‑CCGATTGCCAGTGAAAgca‑gca < 1:246360/247‑1 (MQ=255) aaaTACACTCCTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTG‑GACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTC‑AGCACTACG‑CCGATTGCCAGTGAAAGCA‑GCAACATCAGGCGt < 1:422683/251‑1 (MQ=255) 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c‑AGCACTACA‑CCGATTGCCAGTGAGAGCA‑GCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTAT‑CCACCT‑GTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCtt > 1:237649/1‑251 (MQ=255) | GGCGGGCATTTGGCGAAAAATACACTCTTCCACCGCCAGGTTAAACCACGGGTCGTAAGAGTCAGAGATGAGCAGGCGTAATGTG‑GACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCTTCCGGCACCGGTTTGCTGGCGGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTC‑AGCACTACA‑CCGATTGCCAGTGAGAGCA‑GCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTAT‑CCACCT‑GTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCGCAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCTT > NC_000913/4624028‑4624503 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |