| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,569,307 | T→C | intergenic (‑580/+855) | ytiE ← / ← yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,307 | 0 | T | C | 96.0% | 54.8 / ‑4.0 | 25 | intergenic (‑580/+855) | ytiE/yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (17/7); total (17/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
CGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGC > NC_000913/4569068‑4569552 | cgcgGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATTCAGCGCCatat > 2:317498/1‑250 (MQ=255) 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1:138708/201‑1 (MQ=255) cTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGAAGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGGCCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTTCCGCATCGCCGAGTCGccc > 2:466037/1‑251 (MQ=255) gCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGGTGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGGATTTGCCGACCCGACTCCCGCACGGAAGCTTTATAAcgcc > 1:19017/1‑179 (MQ=255) gCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGAGGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAAcgcc < 2:19017/179‑1 (MQ=255) ttccaggtaggTGATGCAGCTCCATATAGTGCATGATAAACGCCAGCCGCTCCCGTGGGTCATCCCGATGCTATGTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGGCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGGTACTGTCGTGCCAGACGACGAGAGTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGCTCCaa < 2:73274/241‑1 (MQ=255) tGATGCAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGc > 1:219400/1‑251 (MQ=255) | CGCGGGATTTTATGGAGATTCACTTACCTAAAGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATAGAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGC > NC_000913/4569068‑4569552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |