| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,549,223 | T→G | V139G (GTG→GGG) | fimH → | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,549,223 | 0 | T | G | 93.2% | 114.2 / ‑0.2 | 44 | V139G (GTG→GGG) | fimH | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base G (19/22); total (20/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
GGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACC‑ACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAA‑CAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCG‑TGATGT‑CACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCC > NC_000913/4548978‑4549464 | ggATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACC‑ACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCg < 1:204547/250‑1 (MQ=255) 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GGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACC‑ACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAA‑CAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCG‑TGATGT‑CACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCC > NC_000913/4548978‑4549464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |