| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,518,627 | C→A | P34H (CCT→CAT) | insA7 → | IS1 family repressor protein InsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,518,627 | 0 | C | A | 98.4% | 185.8 / ‑5.8 | 64 | P34H (CCT→CAT) | insA7 | IS1 family repressor protein InsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (42/21); total (43/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.66e-01 | |||||||||||
CCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGG > NC_000913/4518383‑4518872 | ccTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCg > 2:383089/1‑251 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gATTTTAAGGTGCTTGCGTGGTTTCCATTTCCATCAGATGCCCTCCCTGCCCCGCTACTGAATGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTTTCTCGGCGCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCaa < 2:401882/250‑1 (MQ=21) gTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGgttt > 1:10615/1‑250 (MQ=255) tGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGCCATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACCGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCACCACGGttttccttcc > 2:62383/1‑245 (MQ=18) 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> 1:190174/1‑168 (MQ=255) cTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTaaa > 1:242677/1‑250 (MQ=255) cTTCCATATCGATCAGATGTCCTTCCTGCACCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGATACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGCCGCGCCAGTGCAAGCATTATGGTCGTTGGCCTCAACCCGGTTTTAGGTCCCTTaac > 2:70361/1‑249 (MQ=18) ttccatttccatCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTATAATTGCCGTAAAACATGGCACCTACAGTTCACTTACCCCGCCTCTCAGCACGGTACGCACCAGCAAATCATTGATATGGCCATGACTGACGTCGGATGTCCCGCTAGTGCACGCATTATGAGCGGTGGCCTTAACCATGTTTTACGTCCCTTcaaa > 2:3924/1‑250 (MQ=18) 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cAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAAACCGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGAGATGTGATAGTCTg > 2:224345/1‑251 (MQ=17) aaaaGCACTGCCGAACATCATCGTTTTCCCTGCTCGCATGGCCGAAAAACATGGCAACTACAGTCCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAAGGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTTAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTgc < 1:28226/251‑1 (MQ=18) gcccTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTg < 1:30240/248‑1 (MQ=255) cATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTTGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGACACGAGATTTTCTGCGCTGAAATGGGCGa > 2:323097/1‑250 (MQ=17) cATCAGCGCTATCTCTGCTCTCACTGCCGTAAAACATGGCAACTGCAGTTCACTTACACCGCTTCTCAACCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGa > 2:275298/1‑250 (MQ=14) aGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGt > 1:95820/1‑251 (MQ=255) ctctCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCgg > 2:341981/1‑251 (MQ=255) | CCTCTGCTTCTGGCATGTGTCGGTCAGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGG > NC_000913/4518383‑4518872 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |