| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,514,983 | A→C | V565V (GTT→GTG) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,514,983 | 0 | A | C | 95.5% | 288.4 / 0.8 | 88 | V565V (GTT→GTG) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base C (40/44); total (43/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.58e-01 | |||||||||||
TTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTATAGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCAT > NC_000913/4514738‑4515224 | ttCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACAtt > 2:115877/1‑251 (MQ=255) tACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCAACATTGCCGCt > 1:79608/1‑251 (MQ=255) aCGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACTTTGCCGCtt > 2:318732/1‑251 (MQ=255) aCGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCt < 1:275628/250‑1 (MQ=255) cTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGc > 1:273826/1‑251 (MQ=255) tGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGCGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGTGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAgac > 1:2538/1‑249 (MQ=255) cGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTg < 1:395605/251‑1 (MQ=255) ggAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATc < 1:206550/250‑1 (MQ=255) ggAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCt > 2:291129/1‑251 (MQ=255) aCGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTATCCAGCTCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGct < 2:330149/251‑1 (MQ=255) gTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGTTCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGTCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGcc < 1:267506/235‑1 (MQ=255) gTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGTCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAACGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACCGcc > 2:267506/1‑235 (MQ=255) tATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGCGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGctgtac > 1:60185/1‑251 (MQ=255) aaGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGctgtactgtt > 2:486026/1‑250 (MQ=255) aaGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGctgtactgt > 1:399762/1‑250 (MQ=255) aaGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGAGCGTATCGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGctgtactgta < 1:11214/251‑1 (MQ=255) 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ggCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACCGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGCGCCTTCCGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCCGTCAGGTgg > 2:292001/1‑250 (MQ=255) gTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCCATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCCGTCAGGTGGTag > 2:288025/1‑249 (MQ=255) tttGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGAACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCCAATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCCGGGTTTGCCTAAACATTCCAGCTGGCAGTCCGGTGGTagggc > 2:310360/1‑247 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |